این برنامه لینوکس به نام Alphafold است که آخرین نسخه آن را می توان با نام Alphafoldv2.3.2.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام Alphafold را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
آلفا فولد
شرح
این بسته پیاده سازی خط لوله استنتاج AlphaFold v2.0 را ارائه می دهد. این یک مدل کاملاً جدید است که در CASP14 وارد شده و در Nature منتشر شده است. برای سادگی، در بقیه این سند به این مدل به عنوان AlphaFold اشاره می کنیم. هر نشریه ای که یافته های ناشی از استفاده از این کد منبع یا پارامترهای مدل را فاش می کند باید به مقاله AlphaFold استناد کند. لطفاً برای توضیح دقیق روش به اطلاعات تکمیلی نیز مراجعه کنید. می‌توانید از نسخه کمی ساده‌شده AlphaFold با این نوت‌بوک Colab یا نسخه‌های پشتیبانی شده توسط جامعه استفاده کنید. حجم کل دانلود برای پایگاه داده های کامل حدود 415 گیگابایت است و حجم کل در صورت زیپ کردن 2.2 ترابایت است. لطفاً مطمئن شوید که فضای هارد دیسک، پهنای باند و زمان کافی برای دانلود دارید. توصیه می کنیم برای عملکرد بهتر جستجوی ژنتیکی از SSD استفاده کنید.
امکانات
- AlphaFold برای اجرا به چندین پایگاه داده ژنتیکی (توالی) نیاز دارد
- در حالی که کد AlphaFold تحت مجوز Apache 2.0 مجوز دارد، پارامترهای AlphaFold برای استفاده غیرتجاری در دسترس هستند.
- 5 مدلی که در طول CASP14 مورد استفاده قرار گرفتند و به طور گسترده برای کیفیت پیش‌بینی ساختار تأیید شدند.
- 5 مدل pTM که برای تولید pTM به خوبی تنظیم شدند
- ساده ترین راه برای اجرای AlphaFold استفاده از اسکریپت Docker ارائه شده است
- به طور پیش فرض، Alphafold سعی می کند از تمام دستگاه های GPU قابل مشاهده استفاده کند
زبان برنامه نویسی
پــایتــون
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/alphafold.mirror/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
