این برنامه لینوکس با نام BisSNP است که آخرین نسخه آن را می توان با نام BisSNP-1.0.0.jar دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام BisSNP را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
BisSNP
Ad
شرح
اکنون در Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNP
BisSNP بسته‌ای مبتنی بر چارچوب کاهش نقشه‌ای جعبه ابزار تحلیل ژنوم (GATK) برای تعیین ژنوتیپ در توالی‌یابی موازی انبوه (Bisulfite-seq، NOMe-seq و RRBS) بر روی پلت فرم Illumina است. برای تعیین ژنوتیپ ها و سطوح متیلاسیون به طور همزمان از استنتاج بیزی با احتمالات متیلاسیون سیتوزین مختلف (نه تنها CpG، CHH، CHG در Bisulfite-seq، بلکه GCH و همکاران در دیگر توالی‌یابی‌های تیمار شده با بی سولفیت) به صورت دستی یا تخمین زده شده به صورت خودکار استفاده می‌کند. . این برای خواندن های تک پایانی و جفتی کار می کند. ویژگی و حساسیت توسط آرایه Illumina IM SNP تأیید شده است. در داده‌های آستانه پیش‌فرض 30X (نمره مقیاس Phred > 20)، می‌تواند 92.21 درصد SNPهای هتروزیگوت را با 0.14 درصد نرخ مثبت کاذب تشخیص دهد. گروه گوگل برای کمک: http://goo.gl/zL7Nj
امکانات
- تماس گیرنده SNP
- فراخوان متیلاسیون
- Bisulfite-seq/NOMe-seq/RRBS
- ژنوتیپ
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
پرل، جاوا
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/bissnp/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
