codonPhyML برای اجرا در لینوکس دانلود آنلاین برای لینوکس

این برنامه لینوکس به نام codonPhyML برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با نام codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.

عکس ها

codonPhyML برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین

شرح

codonPhyML از مدل‌های کدون مارکووی تکامل در بازسازی فیلوژنی استفاده می‌کند. با توجه به مجموعه‌ای از گونه‌ها که با توالی‌های DNA به عنوان ورودی مشخص می‌شوند، codonPhyML درخت فیلوژنتیکی را که به بهترین شکل رابطه تکاملی آنها را توصیف می‌کند، برمی‌گرداند. مقاله ما که کدون PhyML را توصیف می کند در مجله "بیولوژی مولکولی و تکامل" (MBE) منتشر شده است. برای جزئیات بیشتر، لینک را دنبال کنید: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML روی جلد MBE است! این را بررسی کنید (اوت 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.

برای نسخه چند مدل CodonPhyML، لطفاً از تاربال «codonphyml_multi.tgz» استفاده کنید.

امکانات

• مدل‌های کدون مارکووی تکامل: گلدمن و یانگ 1994، میوز و گوت 1994، کوسیول و همکاران 2007، اشنایدر و همکاران 2005، یاپ و همکاران 2010
• اکتشافی جستجوی توپولوژی درختی NNI و SPR
• پارامترهای نرخ جایگزینی با حداکثر احتمال برآورد شده است
• پشتیبانی چند هسته ای از طریق OpenMP
• احتمال قابل مقایسه در مدل های مختلف (مانند AA، NT و CODON)

مخاطبان

علم/تحقیق، آموزش

رابط کاربری

کنسول/ترمینال، خط فرمان

زبان برنامه نویسی

C

این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/codonphyml/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.