این برنامه لینوکس با نام fcGENE: مبدل فرمت Genotype است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان fcgene-1.0.7.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه را با نام fcGENE: مبدل فرمت ژنوتیپ با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
fcGENE: مبدل فرمت ژنوتیپ
شرح
کاربرد اصلی دو جنبه است: اول تبدیل داده‌های SNP ژنوتیپ به فرمت‌های ابزارهای انتساب مختلف مانند PLINK MACH، IMPUTE، BEAGLE و BIMBBAM، دوم تبدیل داده‌های ورودی به فرمت‌های فایل مختلف مانند PLINK، HAPLOVIEW، EIGENSOFT و SNPTEST.فرمت های فایل قابل خواندن: plink-pedigree (ped و map)، plink-raw، plink-dosage، mach، minimac، impute، snptest، beagle و bimbam. به طور مشابه، انواع انتساب خروجی ها نیز پذیرفته شده است.
فرمت هایی که می توانند توسط fcGENE تولید شوند: plink-pedigree، plink-raw، plink-dosage، mach-inputs، minimac-inputs، impute-inputs، beagle-inputs and bimbam-inputs، HAPLOVIEW-inputs، EIGENSOFT-inputs.
کاربرد بیشتر:
- به دست آوردن الگوهای دستورات انتساب لازم و دستورات سایر ابزارهای انتساب
- کنترل کیفیت با توجه به MAF، HWE و CALLRATE.
کلمات کلیدی: تبدیل ژنوتیپ، تبدیل فرمت ژنوتیپ، خروجی انباشت، PLINK، IMPUTE، MACH، Minimac، HAPLOVIEW، BEAGLE، BIMBAM، EIGENSOFT.
امکانات
- می تواند کنترل کیفیت SNP-عاقلانه و فردی را ایجاد کند و می تواند SNP ها و افراد رد صلاحیت شده را در حین تغییر شکل داده ها فیلتر کند.
- می تواند تبدیل فرمت دو طرفه داده های SNP ژنوتیپ را انجام دهد (به عنوان مثال PLINK -> ابزار انتساب و ابزارهای انتساب -> PLINK). این می تواند هر دو فایل شجره نامه و باینری با فرمت plink را بخواند و بنویسد
- می‌تواند SNPهای غیرمجاز را بر اساس امتیاز کیفیت انتساب فیلتر کند
- می تواند الگوهای دستورات ابزار تجزیه و تحلیل GWA را تولید کند
- داده های ژنوتیپ را از قالب یک ابزار انتساب به ابزار دیگر تبدیل می کند.
- تبدیل مراجع انتساب به فرمت plink. این به مقایسه داده های ژنوتیپ با پانل مرجع کمک می کند.
- می‌تواند داده‌های snp را با فرمت GenABEL از داده‌هایی که در ابتدا در قالب‌های دیگر داده شده است ایجاد کند
- می تواند فایل هایی با فرمت های متفاوت تولید کند که حاوی دوز بالایی از فرکانس آللی جزئی هستند
- برای محققانی که در زمینه ژنتیک آماری کار می کنند بسیار مفید است.
- نوشته شده در c++، استفاده از ظروف STL
- می تواند فایل های gezid را بخواند و بنویسد
- می تواند FST را با دستور --fst محاسبه کند
- می تواند داده های استاندارد ژنوتیپ را با تعداد آلل ها و دوزهای آلل بخواند و بنویسد
- می تواند فایل هایی با فرمت vcf که برای BEAGLE4 استفاده می شود ایجاد کند
زبان برنامه نویسی
++C
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/fcgene/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
