این برنامه لینوکس به نام HSRA برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با نام HSRA-v1.1.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
دانلود و اجرا آنلاین این برنامه به نام HSRA برای اجرا در لینوکس آنلاین با OnWorks به صورت رایگان.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
HSRA به صورت آنلاین در لینوکس اجرا می شود
Ad
شرح
HSRA یک ابزار موازی مبتنی بر MapReduce برای نگاشت خواندن از آزمایش‌های توالی‌یابی RNA (RNA-seq) است. تجزیه و تحلیل‌های RNA-seq معمولاً با نگاشت قرائت‌ها به یک ژنوم مرجع به منظور تعیین مکانی که قرائت‌ها از آن منشأ گرفته‌اند، آغاز می‌شود، که یک مرحله بسیار زمان‌بر است. این ابزار به محققان بیوانفورماتیک اجازه می دهد تا وظایف نگاشت خود را به طور موثر بر روی گره های یک خوشه با ترکیب یک تراز کننده سریع چند رشته ای (HISAT2) با Apache Hadoop، که یک چارچوب محاسباتی توزیع شده برای پردازش داده های بزرگ مقیاس پذیر است، توزیع کنند.HSRA در حال حاضر از ترازهای خواندنی یک پایانی و جفتی از مجموعه داده های FASTQ/FASTA پشتیبانی می کند. علاوه بر این، ابزار ما از کتابخانه Hadoop Sequence Parser (HSP) (لینک بالا) برای خواندن کارآمد مجموعه داده های ورودی ذخیره شده در سیستم فایل توزیع شده Hadoop (HDFS) استفاده می کند و قادر است مجموعه داده های فشرده شده با کدک های Gzip و BZip2 را پردازش کند.
مخاطبان
فناوری اطلاعات، صنعت بهداشت و درمان، علم/تحقیق
رابط کاربری
کنسول/ترمینال، خط فرمان
زبان برنامه نویسی
جاوه
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/hsra/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
