این برنامه لینوکس به نام iMSAT است که آخرین نسخه آن را می توان با نام SSRs.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن به نام iMSAT را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
iMSAT
شرح
iMSAT نشان دهنده به روز رسانی کامل برنامه vcf2MSAT است. این برنامه خط فرمان پایتون به کاربر اجازه می دهد تا از داده های چندشکلی تولید شده با استفاده از ابزارهای SAM- و BAM و یک فایل تراز .fasta برای جستجوی نشانگرهای ریزماهواره چندشکلی (MSAT یا STR) استفاده کند. با شناسایی سازندگان چندشکلی، به جای مناطق تکراری ساده که برنامه‌های قبلی انجام داده‌اند، iMSAT سرعت شناسایی MSATهای چندشکلی را تا حد زیادی افزایش می‌دهد - باعث صرفه‌جویی در وقت و هزینه گرانبهای محققان می‌شود. بازدید کنید http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/858/abstract برای مقاله pdf که کاربرد iMSAT را توضیح می‌دهد و اگر از این برنامه استفاده می‌کنید، لطفاً به این مقاله اشاره کنید: اندرسن و میلز: iMSAT: یک رویکرد جدید برای توسعه مکان‌های ریزماهواره با استفاده از کتابخانه‌های بارکد Illumina. BMC Genomics 2014 15:858.
امکانات
- شناسایی ریزماهواره چند شکلی
- توالی Illumina
- آنالیز ژنومیک
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
پــایتــون
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/imsat/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
