این برنامه لینوکس با نام MCPerm: Monte Carlo SNP است که آخرین نسخه آن را می توان با نام MCPerm_1.1.2.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه را با نام MCPerm: Monte Carlo SNP جایگزینی با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
MCPerm: جایگشت مونت کارلو SNP
Ad
شرح
MCPerm: یک روش جایگشت مونت کارلو برای همبستگی آزمون چندگانه در مطالعه ارتباط مورد-شاهدی
آزمون جایگشت سنتی (TradPerm) یک روش تجزیه و تحلیل ناپارامتریک مهم است که می تواند به عنوان استاندارد طلایی برای اصلاحات تست های متعدد در مطالعه ارتباط مورد-شاهدی در نظر گرفته شود. با این حال، به ژنوتیپ‌ها و داده‌های فنوتیپ تک نوکلئوتیدی (SNP) تکیه می‌کند تا تعداد زیادی مخلوط تصادفی را انجام دهد، و بنابراین از نظر محاسباتی فشرده است، به‌ویژه برای مطالعه ارتباط گسترده ژنوم (GWAS). برای بهبود سرعت محاسبه بدون تغییر اندازه TradPerm p-value، ما یک روش جایگشت مونت کارلو (MCPerm) را به عنوان یک جایگزین کارآمد برای TradPerm توسعه دادیم.
روش‌ها: MCPerm نیازی به مخلوط کردن ژنوتیپ‌ها و داده‌های فنوتیپ اصلی ندارد. این روش با استفاده از روش مونت کارلو، از توزیع ابر هندسی دو مرحله ای برای تولید تعداد تصادفی ژنوتیپ (AA، Aa و aa) در موارد و شاهد استفاده می کند.
زبان برنامه نویسی
S / R
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/mcperm/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
