این برنامه لینوکس با نام MethylExtract است که آخرین نسخه آن را می توان با نام MethylExtract.tgz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام MethylExtract را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
متیل عصاره
Ad
شرح
MethylExtract یک ابزار کاربر پسند برای تولید XNUMX) نقشه های متیلاسیون ژنوم با کیفیت بالا و XNUMX) برای تشخیص تغییرات توالی در همان آماده سازی نمونه است. این برنامه در یک اسکریپت واحد پیاده‌سازی می‌شود و همه منابع خطای اصلی را در نظر می‌گیرد: خطاهای توالی، شکست بی سولفیت، خواندن کلونال و انواع تک نوکلئوتیدی. MethylExtract تغییرات (SNVs – Single Nucleotide Variation) را به روشی مشابه VarScan تشخیص می‌دهد، روشی بسیار حساس که به طور گسترده در SNP و فراخوانی ژنوتیپ بر اساس قرائت‌های بدون بی سولفیت استفاده می‌شود.
امکانات
- متیلاسیون و فراخوانی SNV از آزمایش‌های NGS BS-Seq
- موارد تکراری احتمالی PCR را شناسایی و حذف می کند
- تشخیص شکست بی سولفیت فرضی
- کنترل خطاهای توالی
- ارزیابی آماری شکست بی سولفیت
- پردازش فایل های بی سولفیت SAM / BAM
- Multithreading و کنترل حافظه
زبان برنامه نویسی
پرل
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/methylextract/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
