این برنامه لینوکس با نام MSL است که آخرین نسخه آن را می توان با نام mslib-1.1.0.9.tgz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام MSL را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
MSL
Ad
شرح
MSL یک کتابخانه ++C است که امکان مطالعه محاسباتی ماکرومولکول ها را فراهم می کند.
کتابخانه MSL یک برنامه نیست (اگرچه برخی از برنامه ها توزیع شده اند) بلکه ابزاری برای دانشمند است تا روش های مدل سازی مولکولی خود را کدنویسی کند.
فلسفه
هدف اصلی ایجاد مجموعه‌ای از ابزارها است که مطالعه محاسباتی ماکرومولکول‌ها را با سهولت نسبی در همه سطوح، از عملیات ساده (به عنوان مثال، بارگذاری یک PDB و اندازه‌گیری فاصله یا ویرایش یک دو وجهی) تا کاربردهای پیچیده (مدل‌سازی پروتئین یا طرح).
MSL در آزمایشگاه Senes در دانشگاه ویسکانسین-مدیسون و توسط تیمی از توسعه دهندگان/کاربران آزمایشگاه های تحقیقاتی دیگر توسعه یافته است.
مرجع:
Kulp DW، Subramaniam S، Donald JE، Hannigan BT، Mueller BK، Grigoryan G، Senes A.
انفورماتیک ساختاری، مدل‌سازی و طراحی با کتابخانه نرم‌افزار مولکولی منبع باز (MSL).
J Comput Chem. 2012 جلد. 33 صفحه 1645-61
دانلود مقاله در http://dx.doi.org/10.1002/jcc.22968
امکانات
- توانایی ذخیره و جابجایی بین چند مختصات اتمی، برای تغییرات ساختاری و نمایش روتامری آزادی ساختاری زنجیره جانبی.
- توانایی ساخت و ذخیره چندین هویت باقیمانده (به عنوان مثال LEU، ILE، ALA) در یک موقعیت و جابجایی بین آنها.
- # میدان نیروی CHARMM و دیگر توابع انرژی.
- تبدیل هایی مانند ترجمه ها، چرخش ها و ترازها.
- الگوریتم‌های جستجو مانند مونت کارلو، حذف بن‌بست، و میانگین فیلد خودسازگار مونت کارلو، نمونه‌برداری ستون فقرات
- نسل شبکه کریستالی
- پشتیبانی از کتابخانه های روتامر
- اصلاح و تولید ستون فقرات
- پلتفرم های پشتیبانی شده: Linux، MacOS
مخاطبان
علم/تحقیق
زبان برنامه نویسی
++C
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/mslib/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
