این برنامه لینوکس با نام nichenetr است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان v2.0.4.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام nichenetr را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
nichenetr
شرح
nichenetr: اجرای R از روش NicheNet. هدف NicheNet مطالعه ارتباطات بین سلولی از دیدگاه محاسباتی است. NicheNet از داده‌های بیان ژن انسان یا موش سلول‌های در حال تعامل به عنوان ورودی استفاده می‌کند و آن را با مدل قبلی ترکیب می‌کند که دانش موجود در مسیرهای سیگنالینگ لیگاند به هدف را ادغام می‌کند. این امکان پیش‌بینی برهم‌کنش‌های لیگاند-گیرنده را فراهم می‌کند که ممکن است باعث تغییرات بیان ژن در سلول‌های مورد نظر شود. این مدل از اطلاعات قبلی در مورد پیوندهای بالقوه لیگاند-هدف می تواند برای استنتاج پیوندهای لیگاند-هدف فعال بین سلول های در حال تعامل استفاده شود. NicheNet لیگاندها را بر اساس فعالیت آنها اولویت بندی می کند (یعنی اینکه چقدر تغییرات مشاهده شده در بیان ژن در سلول گیرنده را پیش بینی می کنند) و به دنبال اهداف آسیب دیده با پتانسیل بالا می گردد تا توسط این لیگاندهای اولویت بندی شده تنظیم شوند.
امکانات
- NicheNet به شدت با بیشتر رویکردهای محاسباتی فعلی برای مطالعه ارتباطات بین سلولی متفاوت است
- ارزیابی اینکه لیگاندهای بیان شده توسط یک سلول فرستنده چقدر می توانند تغییرات در بیان ژن را در سلول گیرنده اولویت بندی لیگاندها را بر اساس تأثیر آنها بر بیان ژن پیش بینی کنند.
- پیوندهای لیگاند-هدف فرضی فعال در سیستم مورد مطالعه را استنتاج کنید
- اعتبار مدل لیگاند-هدف قبلی
- ساخت مدل های لیگاند هدف قبلی تعریف شده توسط کاربر
- ما دستورالعمل هایی را در مورد نحوه ایجاد تجسم بصری از پیش بینی های اصلی ارائه می دهیم
زبان برنامه نویسی
R
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/nichenetr.mirror/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
