این برنامه لینوکس به نام ParaSim برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان parasim-v0.05.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه به نام ParaSim را به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید تا به صورت رایگان در لینوکس با OnWorks اجرا شود.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
عکس ها
Ad
ParaSim به صورت آنلاین در لینوکس اجرا می شود
شرح
ارزیابی تنوع و مقایسه پایگاه‌های داده ترکیبی بزرگ نیازمند محاسبه شباهت‌های میلیون‌ها ترکیب در زمان مقرون‌به‌صرفه است. ParaSim با موازی کردن محاسبات بر اساس تعداد هسته‌های محاسباتی موجود در یک ماشین، این چالش را برطرف می‌کند. برای توان عملیاتی تعداد بسیار زیادی از ساختارهای پرس و جو در برابر تعداد بسیار زیادی از ساختارهای مرجع بهینه شده است. به عنوان یک ویژگی خاص، ParaSim امکان ذخیره و دسترسی به مجموعه داده‌هایی که مکرراً درخواست می‌شوند را به عنوان اشیاء پایدار در حافظه برای زمان‌های پاسخ کوتاه می‌دهد.ParaSim شباهت های شیمیایی را بر اساس اثر انگشت ساختاری باینری محاسبه می کند. این به تنهایی اثر انگشت را محاسبه نمی کند، اما برای انجام این کار به نرم افزار شخص ثالث متکی است. اساساً، همه انواع اثر انگشت ساختاری که می‌توانند در آرایه‌ای از بیت‌ها (یک بیت‌ست) ذخیره شوند، توسط ParaSim قابل استفاده هستند.
ویکی را ببینید (https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/) برای مستندات دقیق.
بازخورد بسیار قدردانی شد!
امکانات
- از چندین هسته محاسباتی استفاده می کند
- می تواند اثر انگشت را به طور مداوم در حافظه ذخیره کرده و به آن دسترسی داشته باشد
- نتایج گزارش شده: شناسه مولکول پرس و جو، شناسه مولکول مرجع، ضریب شباهت و، به صورت اختیاری، داده های اضافی مانند Smiles/InChi-Key/String Chime و غیره.
- به تعداد بازدیدهای تعریف شده توسط کاربر در هر پرس و جو و آستانه تشابه اجازه می دهد
- به اندازه های مختلف بیت اثر انگشت اجازه می دهد
- اطلاعات پیشرفت دقیق را در صورت درخواست ارائه می دهد
- بدون نصب مورد نیاز است
- اثر انگشت را به‌عنوان مجموعه بیت‌های کدگذاری شده با Base64 از فایل‌های txt. یا txt.gz. می‌خواند.
- برنامه های آزمایشی برای RDKit، PipelinePilot (TM) و Knime گنجانده شده است
- اسکریپت هایی برای جستجوی مستقیم از فایل های SDF یا Smiles گنجانده شده است
مخاطبان
توسعه دهندگان، کاربران نهایی/رومیزی، آزمایش کنندگان، علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان، کنسول/ترمینال
زبان برنامه نویسی
سی، پرل، پایتون
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/parasim/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
