این برنامه لینوکس به نام PASHA: موازی شده کوتاه خوانده شده اسمبلی برای اجرا در لینوکس آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با نام Pasha-1.0.10.tar.bz2 دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام PASHA: Parallelized Short Read Assembly را به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید تا در لینوکس بصورت آنلاین با OnWorks به صورت رایگان اجرا شود.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
PASHA: موازی شده موازی خواندن کوتاه برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین
Ad
شرح
PASHA یک اسمبلر خواندن کوتاه موازی برای ژنوم های بزرگ با استفاده از نمودارهای de Bruijn است. PASHA با بهره‌گیری از CPUهای چند هسته‌ای با حافظه مشترک و خوشه‌های محاسباتی با حافظه توزیع‌شده، پتانسیل خود را برای اجرای مونتاژ de-novo ژنوم‌های بزرگ با کیفیت بالا در زمان معقول با منابع محاسباتی متوسط نشان داده است. ارزیابی ما با استفاده از سه مجموعه داده واقعی جفتی کوچک نشان می‌دهد که PASHA می‌تواند مجموعه‌های بهتری با پوشش ژنومی قابل مقایسه و نرخ‌های نامناسب در مقایسه با سه مونتاژکننده پیشرو تولید کند: Velvet، ABySS و SOAPdenovo. علاوه بر این، PASHA به سریع ترین سرعت برای هر سه مجموعه داده در یک CPU دست می یابد. برای ژنوم انسان، PASHA به کیفیت مونتاژ رقابتی با ABySS دست می‌یابد و می‌تواند مونتاژ را در حدود 21 ساعت کامل کند، که حدود 2.38× سریع‌تر از ABySS در پیکربندی‌های سخت‌افزاری مشابه است.رابط کاربری
کنسول / ترمینال
زبان برنامه نویسی
++C
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/pasha/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
