این برنامه لینوکس به نام PRADA برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان با نام pyPRADA_1.2.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
دانلود و اجرا آنلاین این برنامه به نام PRADA برای اجرا در لینوکس آنلاین با OnWorks به صورت رایگان.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
PRADA به صورت آنلاین در لینوکس اجرا می شود
Ad
شرح
توالی موازی انبوه cDNA معکوس رونویسی شده از RNA (RNASeq) تخمین دقیقی از کمیت و ترکیب mRNA ها ارائه می دهد. برای مشخص کردن رونوشت از طریق تجزیه و تحلیل داده های RNA-seq، ما PRADA را توسعه دادیم. PRADA بر پردازش و تجزیه و تحلیل تخمین بیان ژن، شناسایی همجوشی ژن تحت نظارت و بدون نظارت، و شناسایی حذف درون ژنی نظارت شده تمرکز دارد.PRADA در حال حاضر از 7 ماژول برای پردازش و شناسایی ناهنجاری ها از داده های RNAseq پشتیبانی می کند:
پیش پردازش: فایل های BAM تراز و تنظیم شده را ایجاد می کند.
بیان: بیان ژن (RPKM) و معیارهای کیفیت را ایجاد می کند.
همجوشی: همجوشی های ژن کاندید را شناسایی می کند.
guess-ft: جستجوی نظارت شده برای رونوشت های ترکیبی.
حدس بزنید: جستجوی نظارت شده برای همجوشی های درون ژنی.
هومولوژی: همولوژی بین دو ژن داده شده را محاسبه می کند.
فریم: پیامد عملکردی رونوشت فیوژن را پیش بینی می کند
امکانات
- PRADA به زبان برنامه نویسی پایتون نوشته شده است و برای اجرا در یک محیط خط فرمان در سیستم عامل های یونیکس یا لینوکس در نظر گرفته شده است.
- شرح جزئیات مراحل نصب و استفاده از هر ماژول به همراه مثال در مستندات موجود است https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- فایل های مرجع hg19 برای دانلود در دسترس هستند http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- برای حذف آرتیفکت‌های همجوشی، ژن‌ها را با چندین شریک در یک نمونه و مشابه فیلتر می‌کنیم.
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/prada/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
