دانلود SnowyOwl برای لینوکس

این برنامه لینوکس با نام SnowyOwl است که آخرین نسخه آن را می توان با نام SnowyOwl-2.0.3.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.

عکس ها

SnowyOwl

شرح

SnowyOwl یک خط لوله پیش‌بینی ژن است که از داده‌های RNA-Seq برای آموزش و ارائه نکاتی برای تولید پیش‌بینی‌های ژن مبتنی بر مدل مارکوف پنهان (HMM) و ارزیابی مدل‌های حاصل استفاده می‌کند. این خط لوله با مقایسه پیش‌بینی‌های آن با مدل‌های ژنی دستی در سه ژنوم قارچ تأیید و ساده‌سازی شده است، و نتایج آن افزایش قابل‌توجهی در حساسیت و انتخاب‌پذیری نسبت به پیش‌بینی‌های ژنی قبلی نشان می‌دهد. حساسیت با اجرای مکرر پیش‌بینی‌کننده ژن HMM آگوستوس با پارامترهای ورودی متنوع، و گزینش با انتخاب مدل‌هایی با بهترین همولوژی با پروتئین‌های شناخته‌شده و بهترین تطابق با داده‌های RNA-Seq به دست می‌آید. SnowyOwl ژن ها را در 26 ژنوم جدید قارچی با موفقیت پیش بینی کرده است.
خط لوله را می توان به صورت محلی برای توان عملیاتی بالا و کنترل بر پیکربندی نصب کرد. همچنین می توان آن را بر روی یک سرور راه دور از طریق یک رابط وب مناسب برای استفاده گاه به گاه اجرا کرد.

امکانات

• پیش‌بینی ژن با استفاده از داده‌های RNA-Seq
• حساسیت و ویژگی بالا
• خط لوله با مدل‌های ژنی که به‌صورت دستی انتخاب شده‌اند، ساده‌سازی و تأیید شد
• بسیار قابل تنظیم
• پیکربندی پیش‌فرض برای قارچ‌های آسکومیست و بازیدیومیست
• برای کنترل و انعطاف پذیری، به صورت محلی نصب و اجرا کنید
• برای راحتی از راه دور از طریق یک رابط وب اجرا کنید

مخاطبان

علم/تحقیق، کاربران نهایی پیشرفته

رابط کاربری

مبتنی بر وب، خط فرمان، GTK+

زبان برنامه نویسی

پایتون، پی اچ پی

دسته بندی ها

این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/snowyowl/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.