این برنامه لینوکس با نام TaxOnTree است که آخرین نسخه آن را می توان با نام TaxOnTree_v1.6.1.3_Linux_x86_64.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام TaxOnTree را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
اسکرین شات ها:
TaxOnTree
DESCRIPTION:
TaxOnTree یک برنامه فیلوژنتیک برای ارتباط اطلاعات طبقه بندی در یک درخت فیلوژنتیک است.
خروجی یک فایل درختی با فرمت NEX است که برای باز شدن در FigTree پیکربندی شده است، که کاربران می توانند فوراً با هر گونه یا اجدادی که توسط دنباله هایی با پرس و جو به اشتراک گذاشته شده است، رنگ آمیزی کنند. ورودی می‌تواند یک فایل قالب‌بندی شده Fasta برای استفاده در جستجوی BLAST یا فهرستی از دنباله‌ها باشد که توسط شناسه‌های آنها (UniProtAC یا NCBI gi) نشان داده می‌شوند، اگر خوشه‌ای از قبل موجود باشد. همچنین می توان از فایل newick تولید شده با نرم افزار کاربر و تنظیمات خاص برای اقدام به برچسب گذاری طبقه بندی استفاده کرد. TaxOnTree کاربر خود را به یک متخصص در طبقه بندی تبدیل می کند. TaxOnTree همچنین عدم وجود برخی از گونه‌ها را در طبقه‌بندی NCBI تصحیح می‌کند. تنظیم برنامه خط فرمان آسان است و می توان آن را به چندین ابزار بیوانفورماتیک متصل کرد و یک درخت رنگی در قالب PDF تولید کرد. TaxOnTree به عنوان یک ابزار وب در دسترس است http://biodados.icb.ufmg.br/taxontree برای مشاغل کم تقاضا
امکانات
- یک پرس و جو را در قالب fasta (یا شناسه آن) وارد کنید و یک درخت فیلوژنتیک ایجاد کنید
- پایگاه داده RefSeq فقط با پروتئین های کامل و پروتئون های مرجع UniProt با TaxOnTree توزیع شده است.
- تراز چندگانه را می توان با MUSCLE، PRANK، Clustal Omega یا Kalign انجام داد
- همچنین، می‌توان از خوشه‌های همولوگ مانند KO، eggNOG، OrthoMCL-DB، PANTHER و غیره به عنوان ورودی استفاده کرد.
- TaxOnTree می تواند تراز را با TrimAl درمان کند و با FastTree یک درخت می سازد.
- با این حال، یک درخت ساخته شده توسط کاربر در قالب newick می تواند به عنوان ورودی برای TaxOnTree استفاده شود
- TaxOnTree یک فایل NEXUS تولید می کند تا با FigTree باز شود
- برنامه می تواند خط فرمان FigTree را اجرا کند و درخت تجزیه و تحلیل شده را در PDF صادر کند
- برای استفاده تک، یک ابزار وب در دسترس است و کد آن نیز برای نصب محلی در دسترس است
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
زبان برنامه نویسی
پرل
محیط پایگاه داده
Perl DBI/DBD، MySQL
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/taxontree/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.