این برنامه ویندوز با نام BBMap است که آخرین نسخه آن را می توان با نام BBMap_39.03.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن به نام BBMap را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. هر شبیه ساز آنلاین OS OnWorks را از این وب سایت راه اندازی کنید، اما شبیه ساز آنلاین ویندوز بهتر است.
- 5. از OnWorks Windows OS که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. برنامه را دانلود و نصب کنید.
- 7. Wine را از مخازن نرم افزار توزیع لینوکس خود دانلود کنید. پس از نصب، می توانید روی برنامه دوبار کلیک کنید تا آنها را با Wine اجرا کنید. همچنین می توانید PlayOnLinux را امتحان کنید، یک رابط کاربری فانتزی بر روی Wine که به شما کمک می کند برنامه ها و بازی های محبوب ویندوز را نصب کنید.
Wine راهی برای اجرای نرم افزار ویندوز بر روی لینوکس است، اما بدون نیاز به ویندوز. Wine یک لایه سازگار با ویندوز منبع باز است که می تواند برنامه های ویندوز را مستقیماً بر روی هر دسکتاپ لینوکس اجرا کند. اساساً، Wine در تلاش است تا به اندازه کافی از ویندوز را از ابتدا مجدداً پیاده سازی کند تا بتواند همه آن برنامه های ویندوز را بدون نیاز به ویندوز اجرا کند.
عکس ها
Ad
BBMap
شرح
این بسته شامل BBMap، تراز خواندن کوتاه، و همچنین ابزارهای بیوانفورماتیک مختلف دیگر است. این در جاوا خالص نوشته شده است، می تواند بر روی هر پلتفرمی اجرا شود و هیچ وابستگی دیگری جز جاوا ندارد (کامپایل شده برای جاوا 6 و بالاتر). همه ابزارها کارآمد و چند رشته ای هستند.
BBMap: تراز خواندن کوتاه برای داده های DNA و RNA-seq. قادر به مدیریت خودسرانه ژنوم های بزرگ با میلیون ها داربست. Handles Illumina، PacBio، 454، و موارد دیگر. حساسیت بسیار بالا و تحمل خطاها و ایندل های بزرگ متعدد. خیلی سریع.
BBNorm: ابزار تصحیح خطا و نرمال سازی مبتنی بر Kmer.
Dedupe: مجموعه ها را با حذف دنباله های تکراری یا حاوی که دارای یک هویت درصد هدف هستند، ساده می کند.
Reformat: Reformats بین fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam، interleaved/paired و ASCII-33/64 با سرعت بیش از 500 مگابایت بر ثانیه خوانده می شود.
BBDuk: فیلترها، برش‌ها یا ماسک‌ها با کبریت‌های مشابه در فایل مصنوع/آلودگی خوانده می‌شوند.
...و بیشتر!
امکانات
- جاوا خالص، بر روی هر پلتفرمی اجرا می شود. قبلاً کامپایل شده است، فقط آن را از حالت فشرده خارج کرده و اجرا کنید.
- سریع، کارآمد و چند رشته ای.
- اطلاعات استفاده هنگام اجرای shellscript بدون پارامتر نمایش داده می شود.
- بالاترین حساسیت نسبت به ترازهای کوتاه خوانده شده.
- نصب آسان - فقط unzip/untar کنید.
- آسان برای استفاده. مثال: bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- همه فرمت های رایج را مدیریت می کند: fasta، fastq، sam، روسری، fasta+qual، ASCII-33، ASCII-64، gzip.
- توسط موسسه ژنوم مشترک استفاده می شود.
- BB مخفف Bestus Bioinformaticus است.
- یک پرسش متداول مفید در اینجا وجود دارد: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
کنسول / ترمینال
زبان برنامه نویسی
جاوه
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/bbmap/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
