Il s'agit de la commande abacas qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
abacas - Contigation automatique basée sur un algorithme de séquences assemblées
SYNOPSIS
abaques -r ref -q qs -p prog [OPTIONS]
OR
abaques -r ref -q psf -e
ref séquence de référence dans un seul fichier fasta
qs contigs au format multi-fasta
rog Programme MUMmer à utiliser : 'nucmer' ou 'promer'
psf fichier pseudomolécule/séquence ordonnée au format fasta
OPTIONS
-h utilisation de l'impression
-d utiliser les paramètres nucmer/promer par défaut
-s int longueur minimale du mot correspondant exact (nucmer default = 12, promer default
= 4)
-m imprimer les contigs commandés dans un fichier au format multifasta
-b imprimer les contigs dans bin dans un fichier
-N imprimer une pseudomolécule sans "N"
-i int pourcentage d'identité minimum [par défaut 40]
-v couverture contig minimale int [par défaut 40]
-V différence de couverture contig minimum int [par défaut 1]
-l longueur minimale de contig int [par défaut 1]
-t exécuter tblastx sur les contigs qui ne sont pas mappés
-g chaîne (nom de fichier) imprimer les régions non couvertes (lacunes) en référence au nom de fichier
-a ajouter des contigs dans bin à la pseudomolécule
-o les fichiers de sortie de préfixe auront ce préfixe
-P choisir des ensembles d'amorces pour combler les lacunes
-f nombre int de bases flanquantes de chaque côté d'un espace pour la conception de l'amorce (par défaut
350)
-R int Exécuter mummer [par défaut 1, utilisez -R 0 pour éviter de courir mummer]
-e Échappez à la commande contig, c'est-à-dire allez à la conception de l'amorce
-c La séquence de référence est circulaire
DESCRIPTION
ABACAS a pour but de rapidement conjuguer (aligner, ordonner, orienter), visualiser et concevoir
amorces pour combler les lacunes sur les contigs assemblés par fusil de chasse sur la base d'une séquence de référence.
ABACAS utilise MUMmer pour trouver les positions d'alignement et identifier les synténies des contigs assemblés
contre la référence. La sortie est ensuite traitée pour générer une pseudomolécule prenant
chevauchement des contigs et des lacunes à prendre en compte. ABACAS génère un fichier de comparaison qui peut
être utilisé pour visualiser des contigs ordonnés et orientés dans ACT. Synteny est représenté par le rouge
barres où l'intensité de la couleur diminue avec des valeurs inférieures de pourcentage d'identité entre
blocs comparables. Informations sur les contigs telles que l'orientation, le pourcentage d'identité,
la couverture et le chevauchement avec d'autres contigs peuvent également être visualisés en chargeant la sortie
fichier de fonctionnalités sur ACT.
Utilisez les abacas en ligne en utilisant les services onworks.net
