Il s'agit de la commande alter-sequence-alignment qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
alter-sequence-alignment - séquences génomiques ALignment Transformation EnviRonment
SYNOPSIS
modifier-séquence-alignement [option] [séquence]
DESCRIPTION
ALTER (ALignment Transformation EnviRonment) est un outil pour transformer
entre plusieurs formats d'alignement de séquences. ALTER se concentre sur la
spécifications des principaux programmes d'alignement et d'analyse plutôt que
sur la conversion entre des formats plus ou moins spécifiques.
OPTIONS
-c (--effondrer)
Réduire les séquences en haplotypes.
-cg (--collapseGaps)
Traitez les lacunes comme des données manquantes lors de la réduction.
-cl (--collapseLimit) N
Limite de connexion (les séquences différant sur <= l sites seront réduites) (la valeur par défaut est
l=0).
-cm (--collapseManquant)
Comptez les données manquantes comme des différences lors de la réduction.
-i (--saisir) DÉPOSER
Fichier d'entrée.
-il (--inputAutodetect)
Format de détection automatique (les autres options de saisie sont omises).
-si (--Format d'entrée)VAL
Format d'entrée (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP ou PIR).
-io (--inputOS)VAL
Système d'exploitation d'entrée (Linux, MacOS ou Windows)
-ip (--inputProgramme)VAL
Programme d'entrée (Clustal, MAFFT, MUSCLE, PROBCONS ou TCoffee).
-o (--output) DÉPOSER
Fichier de sortie.
-de (--format de sortie)VAL
Format de sortie (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP ou PIR).
-ol (--outputLowerCase)
Sortie de cas bas.
-om (--outputMatch)
Caractères de correspondance de sortie.
-On (--outputResidueNumbers)
Numéros de résidus de sortie (format ALN uniquement).
-oo (--outputOS)VAL
Système d'exploitation de sortie (Linux, MacOS ou Windows).
-op (--outputProgramme)VAL
Programme de sortie (jModelTest, MrBayes, PAML, PAUP, PhyML, ProtTest, RAxML, TCS,
CodABC, BioEdit, MEGA, dnaSP, Se-Al, Mesquite, SplitsTree, Clustal, MAFFT, MUSCLE,
PROBCONS, TCoffee, Gblocks, SeaView, trimAl ou GENERAL)
-OS (--outputSequential)
Sortie séquentielle (uniquement les formats NEXUS et PHYLIP).
Utilisez alter-sequence-alignment en ligne à l'aide des services onworks.net