Il s'agit de la commande altree-add-Sp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
altree-add-S - Titre...
SYNOPSIS
altree-add-S [options]
Options:
--version version du programme
--short-help|h bref message d'aide
--help message d'aide avec les descriptions des options
--man documentation complète
--first-input-file|i fichier d'entrée 1
--second-input-file|j fichier d'entrée 2 données concernant le trait (qualitatif ou quantitatif)
--output-file|o fichier de sortie
--epsilon|e valeur epsilon
--data-type|t type de données : SNP ou ADN
--proportion|p proportion de cas dans l'échantillon (pour les données qualitatives uniquement)
--data-qual|q type de données : qualitatif ou quantitatif
[--outgroup|g] nom de l'exogroupe
--low|l si un haplotype est présent égal ou inférieur à -l fois, l'état de S sera défini sur "?"
OPTIONS
--version
Imprimez la version du programme et quittez.
--short-help
Imprimez un bref message d'aide et quittez.
--Aidez-moi Imprimez un message d'aide avec des descriptions d'options et des sorties.
--homme Imprime la page de manuel et quitte.
--premier-fichier-d'entrée|i
Fichier d'entrée 1 (fichier paup ou phylip)
--second-fichier-d'entrée|j
Fichier d'entrée 2, contient le nombre de fois qu'un haplotype donné est transporté par cas
et les individus de contrôle (données qualitatives) ou les valeurs quantitatives
correspondant à un haplotype donné (données quantitatives)
--fichier-de-sortie|o
Fichier de sortie
--epsilon|e
paramètre espilon (voir formule dans la documentation)
--type-de-données|t
Type de données : ADN (ATGCU) ou SNP (0-1)
--proportion|p
Proportion d'individus cas dans l'échantillon
--horsgroupe|g
Nom de l'exogroupe (s'il n'est pas dans le fichier contenant le nombre de cas et
contrôles par haplotype)
--data-qual|q
Précisez si les données sont qualitatives ou quantitatives
--faible|l si un haplotype est présent égal ou inférieur à -l fois, l'état de S sera défini
à "?"
DESCRIPTION
Cette Programme ajoute un nouveau caractère (appelé "caractère S") à chaque haplotype dans l'entrée
dossier en fonction du nombre de cas et de contrôles le portant.
Utilisez altree-add-Sp en ligne en utilisant les services onworks.net
