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PROGRAMME:

Nom

altree - Tests d'association et de localisation à l'aide d'arbres phylogénétiques

SYNOPSIS

autre arbre [options]

Options:
--version version du programme
--short-help|h bref message d'aide
--help message d'aide avec les descriptions des options
--man documentation complète
--association|a effectue le test d'association
--s-localisation|l effectuer la localisation en utilisant le caractère S
--first-input-file|i fichier_résultat des programmes de reconstruction de la phylogénie
--second-input-file|j fichier contenant le nb de cas/contrôles portant un haplotype
--output-file|o fichier_sortie
--data-type|t ADN|SNP
--data-qual|q qualitatif|quantitatif
--outgroup nom_groupe_externe
--remove-outgroup
--tree-building-program|p phylip|paup|paml
--splitmode|s nosplit|chi2split
--pas de prolongation
--chi2-threshold|n valeur
--permutations|r nombre
--nombre-d'arbres-à-analyser
-- nombre d'arbre à analyser
--s-numéro-site
--s-site-characters état ancestral -> état dérivé
--co-evo|e simple|double
--print-tree
--anc-seq séquence ancestrale (uniquement avec phylip)
--nb-files nombre de fichiers d'entrée à analyser (uniquement pour le test d'association)

OPTIONS

--version
Imprimez la version du programme et quittez.

--short-help
Imprimez un bref message d'aide et quittez.

--Aidez-moi Imprimez un message d'aide avec des descriptions d'options et des sorties.

--homme Imprime la page de manuel et quitte.

--association|une
Effectuer le test d'association

--s-localisation|l
Localisez le locus de susceptibilité à l'aide de la "méthode du caractère S"

--premier-fichier-d'entrée|i fichier_résultat
Fichier d'entrée 1 (fichier de résultats paup, phylip ou paml). Si plusieurs fichiers d'entrée sont
analysés, leurs noms doivent être séparés par des deux-points. Exemple : input1:input2 etc.

--second-fichier-d'entrée|j fichier_correspondant
Fichier d'entrée 2, par défaut correspondre.txt. Le nombre de fichier d'entrée 2 doit être le même
comme numéro du fichier d'entrée 1. Le nom du fichier d'entrée différent 2 doit être
séparés par des deux points

--fichier-de-sortie|o fichier de sortie
Fichier de sortie

--type-de-données|t "ADN"|"SNP"
Type de données : ADN (ATGCU) ou SNP (0-1)

--data-qual|q "qualitatif"|"quantitatif"
Analyser des données qualitatives (cas/témoin) ou quantitatives

--groupe extérieur hors groupe
Racine l'arbre avec cet outgroup

--remove-outgroup
Supprimer l'exogroupe de l'arbre avant d'effectuer les tests

--programme-de-construction-d'arbre|p "phylip"|"paup"|"paml"
Programme de reconstruction de la phylogénie

--splitmode|s "nosplit"|"chi2split"
comment sont effectués les tests d'un niveau à un autre

--pas de prolongation
Pas de prolongation des branches dans l'arbre

--chi2-seuil|n Plus-value
Seuil de signification pour chi2 (valeur par défaut 0.01)

--permutations|r nombre
Nombre de permutations utilisées pour calculer les p_values ​​exactes (uniquement pour l'association
tester)

--nombre-d'arbres-à-analyser nombre
Nombre d'arbres à analyser dans l'analyse de localisation (uniquement pour la localisation
méthode utilisant le caractère S)

--arbre-à-analyser nombre
Avec cette option, vous pouvez spécifier l'arbre à utiliser (au lieu d'aléatoire). Peut être utilisé
plusieurs fois pour spécifier plusieurs arbres.

--s-numéro-site nombre
Numéro du site de caractère S dans la séquence (uniquement pour la méthode de localisation utilisant
caractère S)

--s-site-caractères transition
Etats des caractères pour le caractère S : état ancestral -> état dérivé ex : G->C ou
0->1 (uniquement pour la méthode de localisation utilisant le caractère S)

--co-evo|e "simple"|"double"
Type d'indice de co-évolution
simple : seule la transition anc -> der de S est utilisée
double : les deux transitions possibles sont utilisées

--print-tree
Si cette option est sélectionnée, l'arbre sera imprimé sur la sortie

--anc-seq anc_seq
Avec cette option, vous pouvez spécifier la séquence ancestrale. Cette option est uniquement
utile lorsque l'arbre est reconstruit en utilisant le programme mix de phylip avec le
états ancestraux spécifiés dans le fichier "ancêtres"

--nb-fichiers nombre
Avec cette option, vous spécifiez le nombre de fichiers d'entrée (1 et 2) à analyser.
L'option ne fonctionne que pour le test d'association. Soyez prudent si le nombre d'arbres est
pas la même pour les différents fichiers d'entrée : si l'arbre choisi n'existe pas dans
un fichier, le programme ne fonctionnera pas correctement

DESCRIPTION

Cette Programme effectue

(a) un test d'association entre un gène candidat et une maladie ou un trait quantitatif

(b) un test de localisation : il permet de détecter quel SNP est impliqué dans le déterminisme de
la maladie ou le caractère quantitatif

Ces deux tests sont basés sur l'analyse d'arbres phylogénétiques haplotypiques.

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