Il s'agit de la commande bash5tools qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
bash5tools - Outil d'extraction de données à partir de fichiers .bas.h5
SYNOPSIS
bash5tools [--h] [--verbose] [--version] [--profile] [--debug] [--outFilePrefix
OUTFILEPREFIX] [--readType {ccs,sous-lectures,unrolled}] [--outType OUTTYPE] [--minLength
MINLENGTH] [--minReadScore MINREADSCORE] [--minPasses MINPASSES] input.bas.h5
OPTIONS
positionnel arguments:
entrée.bas.h5
saisir le nom de fichier .bas.h5
facultatif arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
--verbeux, -v
Définir le niveau de verbosité (par défaut : aucun)
--version
afficher le numéro de version du programme et quitter
--profil
Imprimer le profil d'exécution à la sortie (par défaut : False)
--déboguer
Capturez les exceptions dans le débogueur (nécessite ipdb) (par défaut : False)
--outFilePrefix PREFIXE DE SORTIE
préfixe du nom de fichier de sortie [Aucun]
--readType {ccs,sous-lectures,déroulé}
type de lecture (ccs, sous-lectures ou déroulé) []
--outType TYPE DE SORTIE
type de fichier de sortie (fasta, fastq) [fasta]
Lire filtration arguments:
--Longueur minimale LONGUEUR MINIMALE
longueur de lecture min [0]
--minReadScore SCOREMINREADS
score de lecture min, valide uniquement avec --readType={déroulé,sous-lectures} [0]
--minPasses MINPASS
nombre minimum de pass CCS, valable uniquement avec --readType=ccs
Utilisez bash5tools en ligne en utilisant les services onworks.net
