bowtie2-build - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

bowtie2-build - emballage pour bowtie2-build-*

SYNOPSIS

nœud papillon2-build [Options]*

DESCRIPTION

Bowtie 2 version 2.2.6 par Ben Langmead ([email protected], www.cs.jhu.edu/~langmea)

référence_in
liste de fichiers séparés par des virgules avec des séquences de référence

bt2_index_base
écrire des données bt2 dans des fichiers avec ce répertoire/nom de base

*** Les index Bowtie 2 fonctionnent uniquement avec la v2 (pas la v1). De même pour les index v1. ***

OPTIONS

-f les fichiers de référence sont Fasta (par défaut)

-c séquences de référence données sur la ligne cmd (comme )

--grand-index
force l'index généré à être « grand », même si la référence a moins de 4 milliards
nucléotides

-a/--pasauto
désactiver automatique -p/--bmax/--dcv mémoire-ajustement

-p/--emballé
utiliser des chaînes compressées en interne ; plus lent, moins de mémoire

--bmax
max bucket sz pour le constructeur de tableau de suffixes par blocs

--bmaxdivn
max bucket sz comme diviseur de ref len (par défaut : 4)

--dcv
période de couverture diff pour les blocs (par défaut : 1024)

--nodc désactiver diff-cover (l'algorithme devient quadratique)

-r/--noref
ne pas créer de fichiers d'index .3/.4

-3/--justref
il suffit de créer des fichiers d'index .3/.4

-o/--offrate
SA est échantillonné tous les 2^ Caractères BWT (par défaut : 5)

-t/--ftabchars
Nombre de caractères consommés lors de la recherche initiale (par défaut : 10)

--la graine
graine pour générateur de nombres aléatoires

-q/--calmer
sortie verbeuse (pour le débogage)

-h/--aider
imprimer une description détaillée de l'outil et de ses options

--usage
imprimer ce message d'utilisation

--version
imprimer les informations sur la version et quitter

Utilisez bowtie2-build en ligne en utilisant les services onworks.net