Il s'agit de la commande cdbyank qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
cdbyank - Interroge un fichier d'index créé avec cdbfasta.
DESCRIPTION
Usage:
cdbyank [-ré ] [-une |-n|-l|-s]
[-o ] [-q |-Q][-F] [-R] [-P] [-x] [-w] [-z
est le fichier d'index créé précédemment avec cdbfasta
(ayant généralement un suffixe ".cidx")
-a le nom de séquence (accession) pour qu'un enregistrement fasta soit
récupéré; sinon, une liste des accessions est attendue sur stdin
-d est le fichier fasta à partir duquel extraire les enregistrements ;
si non spécifié, cdbyank cherchera dans le même répertoire où
réside, pour un fichier du même nom mais sans le suffixe ".cidx"
-o les enregistrements trouvés sont écrits dans un fichier au lieu de stdout
-x permet la récupération de plusieurs enregistrements par clé, si le
la base de données avait des enregistrements avec la même clé (clés non uniques) ; (sans pour autant -x qu'une seule
l'enregistrement pour une clé donnée est récupéré)
-i requête insensible à la casse (attend le avoir été
créé avec cdbfasta -i option)
-Q afficher la clé de requête entourée du caractère '%' avant le
enregistrement correspondant
-q même que -Q mais utilisez le caractère à la place de '%'
-w activer les avertissements (envoyés à stderr) lorsqu'une clé n'est pas trouvée
-F tire uniquement le defline pour chaque enregistrement (ignore la séquence)
-P affiche uniquement la ou les positions (décalage du fichier) dans le
fichier de base de données, pour le(s) enregistrement(s) demandé(s)
-R extraction de plage de séquence : attend l'entrée pour avoir
Le format: ' ' et extrait uniquement la plage de séquences spécifiée
-z décompresser tout le fichier
(en supposant qu'il a été construit en utilisant cdbfasta avec l'option '-z')
-v afficher le numéro de version et quitter
Statistiques du fichier d'index (aucun fichier de base de données nécessaire) : -n afficher le nombre d'enregistrements
indexé -l liste toutes les clés stockées dans -s afficher les informations récapitulatives de l'indexation
Utilisez cdbyank en ligne en utilisant les services onworks.net
