codonw - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

codonw - Analyse des correspondances de l'utilisation des codons

DESCRIPTION

codonW [inputfile] [outputfile] [bulkoutfile] [options] Options générales et valeurs par défaut :

-h(aider)
Ce message d'aide

-nommenu
Empêcher l'affichage de l'interface du menu

-maintenant
Empêcher les avertissements concernant l'affichage des séquences

-silencieux
Écraser les fichiers en silence

-totaux
Concaténer tous les gènes dans le fichier d'entrée

-machine
Sortie lisible par machine

-Humain Sortie lisible par l'homme

-code N
Code génétique tel que défini dans le menu 3 option 5

-f_type N
Codons Fop/CBI tels que définis par le menu 3 option 6

-c_type N
Valeurs de fitness Cai telles que définies par le menu 3 option 7

-t (carboniser)
Séparateur de colonnes à utiliser dans les fichiers de sortie (virgule, tabulation, espace)

Indices d'utilisation des codons et indices d'acides aminés

-cai calculer l'indice d'adaptation des codons (CAI)

-dandy calculer la fréquence de l'indice de codons optimal (FOP)

-cbi calculer l'indice de biais de codon (CBI)

-enc Nombre effectif de codons (ENc)

-gc Contenu G+C du gène (les 3 positions de codon)

-gcs3 GC de codons synonymes 3èmes positions

-sil_base
Composition de base aux positions de troisième codon synonymes

-L_sym Nombre de codons synonymes

-L_aa Nombre total de codons synonymes et non synonymes

-tous les indices
Tous les indices ci-dessus

-aro Calculer l'aromaticité de la protéine

-hydre Calculer l'hydropathie de la protéine

-cai_file
{fichier} Fichier d'entrée utilisateur des valeurs CAI

-fichier_cbi
{fichier} Fichier d'entrée utilisateur des valeurs CBI

-fop_file
{fichier} Fichier d'entrée utilisateur des valeurs Fop

Options d'analyse des correspondances (COA)

-coa_cu
COA des fréquences d'utilisation des codons

-coa_rscu
COA d'utilisation relative de codons synonymes

-coa_aa
COA des fréquences d'utilisation des acides aminés

-coa_expert
Générer des statistiques détaillées (expertes) sur le COA

-axes_coa N
Sélectionnez le nombre d'axes à enregistrer

-coa_num N
Sélectionnez le nombre de gènes à utiliser pour identifier les valeurs optimales de codons pouvant être entières
des nombres ou un pourcentage (5 ou 10 %)

Options de sortie en masse | un seul peut être sélectionné par analyse

-aau Utilisation d'acides aminés (AAU)

-raau Utilisation relative d'acides aminés (RAAU)

-cu Utilisation des codons (CU) (par défaut)

-couper Tableau de l'utilisation des codons

-cutot Tabulation de l'utilisation des codons de l'ensemble de données

-rscu Utilisation relative des codons synonymes (RSCU)

-fasta format rapide

-bien rangé format rapide

-lecteur
Format lecteur (les codons sont séparés par des espaces)

-traduction
Traduction conceptuelle de l'ADN en acide aminé

-base Rapport détaillé de la composition des codons G+C

-dinuc Utilisation des dinucléotides des trois codon pos.

-noblk Aucune sortie en masse à écrire dans un fichier

Où {fichier} représente un nom de fichier d'entrée et N une valeur entière Sortie contrôlée <>

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