Il s'agit de la commande compalign qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
compalign - comparer deux alignements multiples
SYNOPSIS
se plaindre [-options]
DESCRIPTION
se plaindre calcule l'« identité » fractionnaire entre l'alignement de confiance et le test
alignement. Les deux fichiers doivent contenir exactement les mêmes séquences, exactement de la même
ordre.
L'identité des alignements de séquences multiples est définie comme l'identité moyenne sur
tous les alignements par paires N(N-1)/2.
L'identité fractionnaire de deux ensembles d'alignements par paires est à son tour définie comme suit
(pour les séquences connues alignées k1 et k2 et les séquences de test alignées t1 et t2) :
colonnes appariées / colonnes totales
où total de colonnes = le nombre total de colonnes dans lesquelles il y a
un symbole valide (nongap) dans k1 ou k2 ;
colonnes correspondantes = le nombre de colonnes dans lesquelles l'un des
ce qui suit est vrai :
k1 et k2 ont tous deux des symboles valides dans une colonne donnée ; t1 et t2
avoir les mêmes symboles alignés dans une colonne du t1/t2
alignement;
k1 a un symbole aligné sur un espace dans k2 ; ce symbole dans t1 est
également aligné sur un écart ;
k2 a un symbole aligné sur un espace dans k1 ; ce symbole dans t2 est
également aligné sur un écart.
Étant donné que les scores de toutes les paires possibles sont calculés, l'algorithme est d'ordre (N^2)L pour
N séquences de longueur L ; les grands ensembles de séquences prendront un certain temps.
OPTIONS
Options disponibles:
-h Imprimez une brève aide et des informations d'utilisation.
-c Ne comparez que sous la structure de consensus marquée #=CS.
--informat
Précisez que les deux alignements sont au format (MSF, par exemple).
--silencieux
Supprimer l'en-tête détaillé (utilisé dans les tests de régression).
Utilisez compalign en ligne en utilisant les services onworks.net
