concavité - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

concavité - prédicteur des sites de liaison des ligands protéiques à partir de la structure et de la conservation

SYNOPSIS

concavité [options] PDBFILE OUTPUT_NAME

DESCRIPTION

ConCavity prédit les sites de liaison des ligands protéiques en combinant une séquence évolutive
conservation et structure 3D.

ConCavity prend en entrée une structure de protéine au format PDB FICHIER PDB et éventuellement des fichiers qui
caractériser la conservation des séquences évolutives des chaînes dans le fichier de structure.

Les fichiers de résultats suivants sont produits par défaut :

· Prédictions de liaison au ligand résiduel pour chaque chaîne (*.scores).

· Prédictions de liaison au ligand résiduel dans un fichier au format PDB (scores de résidus placés dans le
temp. champ facteur, *_résidue.pdb).

· Emplacements de prédiction de poche dans un fichier au format DX (*.dx).

· Script PyMOL pour visualiser les prédictions (*.pml).

Pour visualiser les prédictions dans PyMol (il s'il est installé sur votre système), chargez le script
en tapant "pymol 1G6C_test1.pml" à l'invite ou en le chargeant via le pymol
interface.

Les fichiers PDB et DX peuvent être entrés dans d'autres visualiseurs moléculaires si vous le souhaitez. Nombreuses
des formats de sortie supplémentaires sont disponibles ; voir ci-dessous. Notez que la numérotation des résidus dans le
Les fichiers .scores peuvent ne pas correspondre à ceux du fichier PDB.

L'approche ConCavity procède en trois étapes conceptuelles : création de grille,
l'extraction et la cartographie des résidus (voir Méthodes dans l'article). Premièrement, la structure et
les propriétés évolutives de la protéine sont utilisées pour créer une grille 3D régulière entourant
la protéine dans laquelle le score associé à chaque point de grille représente une estimation
probabilité qu'il chevauche un atome de ligand lié. Deuxièmement, des groupes de contigus,
les points de la grille de notation sont regroupés pour extraire les poches qui adhèrent à la forme et à la taille données
contraintes. Enfin, chaque résidu de protéine est noté avec une estimation de la probabilité qu'il soit
se lier à un ligand en fonction de sa proximité avec les poches extraites.

Chacun des algorithmes décrits pour ces étapes est implémenté en concavité. Voir le
exemples.

Références

Capra JA, Laskowski RA, Thornton JM, Singh M et Funkhouser TA(2009) Prédire les protéines
Sites de liaison de ligands en combinant la conservation des séquences évolutives et la structure 3D.
PLoS Comput Biol, 5 (12).

OPTIONS

FICHIER PDB est un fichier de structure de protéine au format PDB. OUTPUT_NAME fait partie de la sortie
noms de fichiers et ne peut pas contenir "/". La sortie est écrite dans le répertoire courant.

Entrée
-préservation PATH
Si l'option "-conservation" n'est pas donnée, alors les informations de conservation ne sont pas
pris en considération. Notez qu'il existe des fichiers de conservation séparés pour chaque chaîne protéique dans
la structure, et l'entrée de l'option -conservation est le préfixe de ces fichiers.
Fichiers de conservation pré-calculés disponibles pour la quasi-totalité du PQS sur le ConCavity
site Internet. Si vous souhaitez calculer les valeurs de conservation de séquence pour votre propre
alignements, nous recommandons l'algorithme JSD :
<http://compbio.cs.princeton.edu/conservation/>, disponible comme score_conservation(1)
du package de code de conservation.

Grille Création
-grid_method ligsite|surfnet|pocketfinder|personnalisé
-résolution int int int
Définissez la résolution de la grille.

-espacement flotter
Définissez l'espacement de la grille.

poche extraction
-extraction_méthode recherche|topn|personnalisé
-extraction_threshold_range_cutoff FLOAT
Arrêter l'itération recherche méthode lorsque le diamètre de la fenêtre de recherche binaire est inférieur
que -extraction_threshold_range_cutoff * seuil_supérieur. Valeur recommandée : 1e-6.
Valeur par défaut: 0.

Résidu Cartographie
-res_map_method flou|dist|dist-thresh|personnalisé

Chacun de ces algorithmes est décrit dans le texte, et chacun a un certain nombre d'autres
paramètres qui modifient leur comportement. L'option « personnalisé » vous permet de définir les valeurs
de tous les paramètres pour chaque étape vous-même. Les préréglages (par exemple ligsite, recherche, flou) peuvent
remplacez les valeurs que vous avez définies sur la ligne de commande, utilisez donc « personnalisé » pour avoir un contrôle complet.

Sortie
Il existe également plusieurs options de format de sortie. Les valeurs de grille de prédiction de poche peuvent être sorties
dans les formats suivants :

-print_grid_dx 0 | 1
format DX. C'est 1 par défaut.

-print_grid_pdb 0 | 1
Format PDB. Les prédictions de résidus sont sorties sous forme de fichier PDB avec les scores de résidus
mappé à la temp. le champ de facteur et les numéros de poche au champ de séquence de résidus.

-print_grid_txt 0 | 1
Texte brut.

-v Mode verbeux.

EXEMPLES

Remarque : vous devrez peut-être copier et décompresser les exemples de fichiers de données avant d'exécuter le
exemples suivants.

1. Cela exécutera la concavité avec des valeurs par défaut (équivalent à ConCavity^L dans le papier)
sur la structure 1G6C.pdb et considérer les valeurs de conservation trouvées dans
données_conservation/. Cet ensemble de prédictions sera appelé "test1". Cela produit
les fichiers de résultats par défaut suivants dans le répertoire courant :

concavité -conservation /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb test1

2. Par exemple pour marquer la structure 1G6C.pdb avec ConCavity_Pocketfinder, Search et
Flou, vous taperez :

concavité -conservation /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C -grid_method pocketfinder -extraction_method search -res_map_method flou /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb cc-pocketfinder_search_blur

NOTES

Les auteurs utilisent principalement PyMol et Chimera pour la visualisation, mais la plage de sortie
formats signifie que vous devriez être en mesure d'importer les données dans la plupart des programmes d'analyse structurelle.
Faites-nous savoir s'il existe d'autres formats de sortie que vous aimeriez voir.

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