Il s'agit de la commande dawg qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
dawg - DNA assembly with gaps, un simulateur de séquence d'ADN
DESCRIPTION
Assemblage d'ADN avec des lacunes dans la version 1.2 de dawg Copyright © 2004-2009 Reed A. Cartwright
dawg -[scubvhqew?] [-o fichier_sortie] fichier1 [fichier2...]
-s: traiter les fichiers en série [par défaut]
-c: fichiers de processus combinés
-u: sortie sans tampon
-b: sortie tamponnée [par défaut]
-q: désactiver les rapports d'erreur et d'avertissement (silencieux)
-e: activer les rapports d'erreur [par défaut]
-w: activer les rapports d'avertissement [par défaut]
-v: afficher les informations de version
-h: afficher les informations d'aide
-?: pareil que -h
-o outputfile : remplace le nom du fichier de sortie dans le fichier de configuration
Dawg lira stdin si le nom de fichier est "-".
FORMAT DE FICHIER
Le format de fichier prend une série d'instructions sous la forme de "nom = valeur", où
"nom" est alphanumérique et la valeur peut être une chaîne, un nombre, un booléen, un arbre ou un vecteur
de valeurs. Une seule variable équivaut à un vecteur d'une seule entrée.
chaîne : "[char-sequence]"
'[char-sequence]' """[multi-line char-sequence]""" (rm nouvelles lignes initiales et finales)
'''[multi-line char-sequence]''' (kp initiale et finale des nouvelles lignes)
nombre : [signe]chiffres[.chiffres][(e|E)[signe]chiffres] booléen : vrai|faux arbre : Newick
Vecteur de format : { valeur, valeur, ...}
OPTIONS
Nom Type Description
---------------------------------
Arbre VT phylogénie
ArbreÉchelle
Coefficient N pour mettre à l'échelle les longueurs de branches par
Séquence
VS séquences racine
Longueur VN longueur des séquences racine générées
Taux VVN taux d'évolution de chaque nucléotide racine
Modèle d'évolution modèle S : GTR|JC|K2P|K3P|HKY|F81|F84|TN
Freqs VN nucléotide (ACGT) fréquences
Params Paramètres VN pour le modèle d'évolution
Largeur N largeur de bloc pour indels et recombinaison
Échelles de position de bloc VN d'échelle
Coefficients de variance gamma VN pour l'hétérogénéité des taux
Paramètres de forme Alpha VN
Iota VN proportions de sites invariants
GapModèle
Modèles VS de formation d'indèle : NB|PL|US
Taux de lambda VN de formation d'indel
Paramètres d'écart
Paramètre VVN pour le modèle indel
Nombre de répétitions N d'ensembles de données à produire
Fichier de sortie du fichier S
Format de sortie au format S : Fasta|Nexus|Phylip|Clustal
GapSingleChar
B écarts de production en tant que caractère unique
ÉcartPlus
B distinguer les insertions des suppressions dans l'alignement
GarderFlanc
N régions flanquantes non supprimables N nucs de la séquence
GarderVide
B conserver les colonnes vides dans l'alignement final
Minuscules
B séquences de sortie en minuscules
Traduire
B traduit les séquences produites en acides aminés
Graine du générateur de nombres pseudo-aléatoires VN (entiers)
Tête.hors.bloc.
Chaîne S à insérer au début de la sortie
Out.Block.Tail
Chaîne S à insérer à la fin de la sortie
Out.Block.Avant S
chaîne à insérer avant une séquence définie dans la sortie
Out.Block.Après
Chaîne S à insérer après une séquence définie dans la sortie
Out.Subst
B fait une substitution de variable dans Out.Block.*
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