Il s'agit de la commande DBdust qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
DBdust-description
SYNOPSIS
DBpoussière [-b] [-wint(64)] [-tdouble (2.)] [-mint(10)] chemin:db|dam
DESCRIPTION
Exécute l'algorithme DUST symétrique sur les lectures dans la base de données non découpée chemin.db ou chemin.barrage
produire une piste.chemin.dust[.anno,.data] qui marque tous les intervalles de faible complexité
séquence, où la fenêtre de numérisation est de taille -w, le seuil pour être un produit de faible complexité
l'intervalle est -t, et seulement des intervalles parfaits de taille supérieure à -m sont enregistrés. Si la
-b est définie, la définition de faible complexité prend en compte la fréquence de
une base donnée. La commande est incrémentale si on lui donne une base de données à laquelle de nouvelles données ont été ajoutées
puisqu'il a été exécuté pour la dernière fois sur la base de données, il étendra la piste pour inclure les nouvelles lectures.
Il est important de définir ce drapeau pour les génomes avec un fort biais AT/GC, bien que le code soit
un peu plus lent. La piste de poussière, si elle est présente, est comprise et utilisée par DBshow(1),
Statistiques de base de données(1), et daligner (1).
DBpoussière peut également être exécuté sur un bloc DB non découpé, auquel cas il génère une piste
encodage où les noms de fichiers de trace contiennent le numéro de bloc, par exemple .FOO.3.dust.anno et
.FOO.3.dust.data, donné FOO.3 sur la ligne de commande. Nous appelons cela un bloc suivre. Ce
permet le parallélisme des tâches en blocs de la taille d'un bloc et la séquence résultante de pistes de blocs
peut ensuite être fusionné en une piste pour l'ensemble de la base de données non découpée avec Catrack.
Utilisez DBdust en ligne en utilisant les services onworks.net
