Il s'agit de la commande delta2maf qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
delta2blocks - outil supplémentaire pour mummer de patch de mugsy pour trier les alignements
delta2maf - outil supplémentaire pour mummer de patch de mugsy pour trier les alignements
SYNOPSIS
delta2blocs [choix]<réfidentifiant><qryidentifiant>
delta2maf [choix]<réfidentifiant><qryidentifiant>
DESCRIPTION
-h Afficher les informations d'aide
-q Trier les alignements par la coordonnée de début de requête
-r Trier les alignements par la coordonnée de début de référence
-w int Définir la largeur de l'écran - la valeur par défaut est 60
-x int Définir le type de matrice - la valeur par défaut est 2 (BLOSUM 62), les autres options incluent 1 (BLOSUM 45)
et 3 (BLOSUM 80)
remarque : n'a d'effet que sur les alignements d'acides aminés
L'entrée est la sortie .delta du programme "nucmer" ou "promer" transmis sur le
ligne de commande.
La sortie est vers stdout et se compose de tous les alignements entre la requête et la référence
séquences identifiées sur la ligne de commande.
REMARQUE : aucun tri n'est effectué par défaut, les alignements seront donc classés comme indiqué dans
les saisir.
Utilisez delta2maf en ligne en utilisant les services onworks.net
