dsr2xml - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

dsr2xml - Convertir le fichier DICOM SR et l'ensemble de données en XML

SYNOPSIS

dsr2xml [options] dsrfile-in [xmlfile-out]

DESCRIPTION

Notre dsr2xml l'utilitaire convertit le contenu d'un document DICOM Structured Reporting (SR)
(format de fichier ou ensemble de données brutes) en XML (Extensible Markup Language). Le schéma XML
dsr2xml.xsd ne suit pas encore de format standard. Cependant, le dsr2xml application
pourrait être amélioré dans cet aspect à l'avenir (par exemple en soutenant HL7/CDA - Clinical
architecture documentaire).

If dsr2xml lit un ensemble de données brutes (données DICOM sans méta-en-tête de format de fichier)
essayez de deviner la syntaxe du transfert en examinant les premiers octets du fichier. Il est
pas toujours possible de deviner correctement la syntaxe de transfert et il vaut mieux convertir un
dans la mesure du possible dans un format de fichier (en utilisant le dcmconv utilitaire). C'est aussi
possible d'utiliser le -f et -t[ieb] possibilité de forcer dsr2xml lire un ensemble de données avec un
syntaxe de transfert particulière.

PARAMETRES

dsrfile-in DICOM SR nom du fichier d'entrée à convertir

xmlfile-out Nom du fichier de sortie XML (par défaut : stdout)

OPTIONS

général Options
-h --aide
imprimer ce texte d'aide et quitter

--version
imprimer les informations sur la version et quitter

--arguments
imprimer les arguments de ligne de commande étendus

-q --silencieux
mode silencieux, n'imprime aucun avertissement ni erreur

-v --verbeux
mode verbeux, détails de traitement d'impression

-d --débogage
mode de débogage, imprimer les informations de débogage

-ll --log-level [l] niveau : chaîne constante
(fatal, erreur, avertissement, info, débogage, trace)
utiliser le niveau l pour l'enregistreur

-lc --log-config [fichier] nom de fichier : chaîne
utiliser le fichier de configuration f pour l'enregistreur

contribution Options
format de fichier d'entrée :

+f --read-fichier
lire le format de fichier ou l'ensemble de données (par défaut)

+fo --read-file-only
lire le format de fichier uniquement

-f --read-ensemble de données
lire l'ensemble de données sans les méta-informations du fichier

syntaxe de transfert d'entrée :

-t= --read-xfer-auto
utiliser la reconnaissance TS (par défaut)

-td --read-xfer-detect
ignorer le TS spécifié dans l'en-tête méta du fichier

-te --read-xfer-petit
lire avec VR explicite little endian TS

-tb --read-xfer-big
lire avec VR explicite big endian TS

-ti --read-xfer-implicite
lire avec VR implicite TS little endian

traitement Options
la gestion des erreurs:

-Euh --inconnu-relation
accepter le type de relation inconnu/manquant

-Ev --valeur-élément-invalide
accepter la valeur de l'élément de contenu non valide
(par exemple violation de la définition VR ou VM)

-Ec --ignore-contraintes
ignorer les contraintes de contenu de la relation

-Ee --ignore-item-erreurs
n'abandonnez pas en cas d'erreur d'élément de contenu, avertissez simplement
(par exemple, attributs spécifiques au type de valeur manquante)

-Ei --skip-invalid-items
ignorer les éléments de contenu invalides (y compris la sous-arborescence)

-Dv --disable-vr-checker
désactiver la vérification des valeurs de chaîne conformes à la réalité virtuelle

jeu de caractères spécifique :

+Cr --charset-require
exiger la déclaration du jeu de caractères étendu (par défaut)

+Ca --charset-assume [c]harset: chaîne
assumer le jeu de caractères c si aucun jeu de caractères étendu n'est déclaré

+Cc --charset-check-all
vérifier tous les éléments de données avec des valeurs de chaîne
(par défaut : uniquement PN, LO, LT, SH, ST et UT)

# cette option n'est utilisée que pour le mappage vers un
# Encodage de caractères XML, mais pas pour la conversion en UTF-8

+U8 --convertir-en-utf8
convertir toutes les valeurs d'élément qui sont affectées
par jeu de caractères spécifiques (0008,0005) à UTF-8

# nécessite le support de la boîte à outils libiconv

sortie Options
codage:

+Ea --attr-tout
encoder tout en tant qu'attribut XML
(raccourci pour +Ec, +Er, +Ev et +Et)

+Ec --attr-code
encoder la valeur du code, l'indicateur de schéma de codage
et version du schéma de codage en tant qu'attribut XML

+Er --attr-relation
coder le type de relation en tant qu'attribut XML

+Ev --attr-value-type
encoder le type de valeur en tant qu'attribut XML

+Et --attr-template-id
encoder l'identifiant du modèle en tant qu'attribut XML

+Ee --template-enveloppe
l'élément de modèle contient des éléments de contenu
(nécessite +Wt, implique +Et)

Structure XML :

+Xs --add-schema-reference
ajouter une référence au schéma XML "dsr2xml.xsd"
(pas avec +Ea, +Ec, +Er, +Ev, +Et, +Ee, +We)

+Xn --use-xml-espace de noms
ajouter une déclaration d'espace de noms XML à l'élément racine

l'écriture:

+Nous --write-empty-tags
écrire toutes les balises même si leur valeur est vide

+Wi --write-item-id
toujours écrire l'identifiant de l'article

+Wt --write-template-id
écrire les informations d'identification du modèle

NOTES

DICOM Conformité
Notre dsr2xml L'utilitaire prend en charge les classes SOP suivantes :

SpectaclePrescriptionRapportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
Stockage SRS amélioré 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
Stockage SRS complet 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Stockage 3DSRS complet 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcédureLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MammographieCADSRSstockage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
Coffre CADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRSstockage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
RadiopharmaceutiqueRadiationDoseSRSstockage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantationPlanSRDocumentStockage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

Veuillez noter qu'actuellement, seuls les attributs obligatoires et certains attributs facultatifs sont pris en charge.

Personnage Codage
L'encodage XML est déterminé automatiquement à partir de l'attribut DICOM (0008,0005)
« Jeu de caractères spécifiques » en utilisant le mappage suivant :

ASCII (ISO_IR 6) => "UTF-8"
UTF-8 "ISO_IR 192" => "UTF-8"
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" => "ISO-8859-1"
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" => "ISO-8859-2"
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" => "ISO-8859-3"
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" => "ISO-8859-4"
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" => "ISO-8859-9"
Cyrillique "ISO_IR 144" => "ISO-8859-5"
Arabe "ISO_IR 127" => "ISO-8859-6"
Grec "ISO_IR 126" => "ISO-8859-7"
Hébreu "ISO_IR 138" => "ISO-8859-8"

Si cet attribut DICOM est manquant dans le fichier d'entrée, bien que nécessaire, l'option --jeu de caractères-
assumer peut être utilisé pour spécifier manuellement un jeu de caractères approprié (à l'aide de l'un des
termes définis par DICOM).

Les jeux de caractères multiples ne sont pas pris en charge (seule la première valeur d'attribut est mappée dans
cas de multiplicité des valeurs). Si besoin, possibilité --convertir-en-utf8 peut être utilisé pour convertir
le fichier DICOM ou l'ensemble de données au codage UTF-8 avant la conversion au format XML.

ERREUR MANIPULATION
S'il vous plaît soyez prudent avec les options de traitement --unknown-relation, --article-invalide-
Plus-value, --ignore-contraintes, --ignore-item-erreurs et --skip-invalid-items puisqu'ils
désactiver certains contrôles de validation sur le fichier d'entrée DICOM SR et, par conséquent, peut entraîner
en sortie conforme non standard. Cependant, il peut y avoir des raisons d'utiliser un ou plusieurs
de ces options, par exemple pour lire et traiter un document SR mal codé.

Limites
Le schéma XML dsr2xml.xsd ne prend pas en charge toutes les variantes du dsr2xml format de sortie.
Cependant, le format de sortie par défaut (plus l'option --use-xml-espace de noms) devrait marcher.

Journalisation

Le niveau de sortie de journalisation des divers outils de ligne de commande et des bibliothèques sous-jacentes peut
être spécifié par l'utilisateur. Par défaut, seuls les erreurs et les avertissements sont écrits dans la norme
flux d'erreurs. Utilisation de l'option --verbeux également des messages d'information comme les détails du traitement
sont rapportés. Option --déboguer peut être utilisé pour obtenir plus de détails sur l'activité interne,
par exemple à des fins de débogage. D'autres niveaux de journalisation peuvent être sélectionnés à l'aide de l'option --Journal-
niveau. En --silencieux mode seules les erreurs fatales sont signalées. Dans des événements d'erreur aussi graves,
l'application se terminera généralement. Pour plus de détails sur les différents niveaux de journalisation,
voir la documentation du module 'oflog'.

Dans le cas où la sortie de journalisation doit être écrite dans un fichier (éventuellement avec rotation du fichier journal),
vers syslog (Unix) ou l'option du journal des événements (Windows) --log-config peut être utilisé. Cette
le fichier de configuration permet également de diriger uniquement certains messages vers une sortie particulière
flux et pour filtrer certains messages en fonction du module ou de l'application où ils
Sont générés. Un exemple de fichier de configuration est fourni dans /logger.cfg.

COMMAND LINE

Tous les outils de ligne de commande utilisent la notation suivante pour les paramètres :
valeurs facultatives (0-1), trois points de fin indiquent que plusieurs valeurs sont autorisées
(1-n), une combinaison des deux signifie 0 à n valeurs.

Les options de ligne de commande se distinguent des paramètres par un signe '+' ou '-' en tête,
respectivement. Habituellement, l'ordre et la position des options de ligne de commande sont arbitraires (c'est-à-dire qu'ils
peut apparaître n'importe où). Cependant, si les options s'excluent mutuellement, l'apparence la plus à droite
est utilisé. Ce comportement est conforme aux règles d'évaluation standard des shells Unix courants.

De plus, un ou plusieurs fichiers de commandes peuvent être spécifiés en utilisant un signe '@' comme préfixe pour
le nom du fichier (par exemple @commande.txt). Un tel argument de commande est remplacé par le contenu de
le fichier texte correspondant (les espaces blancs multiples sont traités comme un seul séparateur sauf si
ils apparaissent entre deux guillemets) avant toute évaluation ultérieure. Veuillez noter que
un fichier de commandes ne peut pas contenir un autre fichier de commandes. Cette approche simple mais efficace
permet de résumer les combinaisons courantes d'options/paramètres et évite les
lignes de commande confuses (un exemple est fourni dans le fichier /dumppat.txt).

ENVIRONNEMENT

Notre dsr2xml L'utilitaire tentera de charger les dictionnaires de données DICOM spécifiés dans le
Dcmdictpath variable d'environnement. Par défaut, c'est-à-dire si le Dcmdictpath variable d'environnement
n'est pas défini, le fichier /dicom.dic sera chargé à moins que le dictionnaire ne soit construit
dans l'application (par défaut pour Windows).

Le comportement par défaut doit être préféré et le Dcmdictpath variable d'environnement uniquement
utilisé lorsque des dictionnaires de données alternatifs sont nécessaires. Les Dcmdictpath variable d'environnement
a le même format que le shell Unix PATH variable en ce qu'un deux-points (':') sépare
entrées. Sur les systèmes Windows, un point-virgule (';') est utilisé comme séparateur. Le dictionnaire de données
le code tentera de charger chaque fichier spécifié dans le Dcmdictpath variable d'environnement. Ce
est une erreur si aucun dictionnaire de données ne peut être chargé.

Utilisez dsr2xml en ligne à l'aide des services onworks.net