Il s'agit de la commande epestfinde qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
epestfind - Trouve des motifs PEST comme sites potentiels de clivage protéolytique
SYNOPSIS
epesttrouver -séquence séquence [-mwdonnées fichier de données] -la fenêtre entier -ordre sélection
[-seuil flotter] -mono booléen -potentiel booléen -pauvre booléen
-invalide booléen -map booléen -fichier de sortie fichier de sortie -graphique xygraphe
epesttrouver -Aide
DESCRIPTION
epesttrouver est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Protein:Motifs".
OPTIONS
Entrée
-séquence séquence
Séquence protéique USA à analyser.
-mwdonnées fichier de données
Valeur par défaut : Emolwt.dat
Requis
-la fenêtre entier
Distance minimale entre les acides aminés chargés positivement. Valeur par défaut : 10
-ordre sélection
Nom du fichier de sortie qui contient les résultats de l'analyse. Les résultats peuvent être triés
par longueur, position et score. Valeur par défaut : note
Supplémentaire
-seuil flotter
Valeur seuil pour discriminer les motifs PEST faibles des motifs PEST potentiels. Les motifs PEST valides sont
discriminés en motifs « pauvres » et « potentiels » en fonction de ce score de seuil. Par
par défaut, la valeur par défaut est définie sur +5.0 sur la base des données expérimentales. Les modifications sont
non recommandé car la signification est une question de biologie, pas de mathématiques. Défaut
valeur : +5.0
Avancé
-mono booléen
Valeur par défaut : N
-potentiel booléen
Décidez si les motifs PEST potentiels doivent être imprimés. Valeur par défaut : O
-pauvre booléen
Décidez si de mauvais motifs PEST doivent être imprimés. Valeur par défaut : O
-invalide booléen
Décidez si des motifs PEST non valides doivent être imprimés. Valeur par défaut : N
-map booléen
Décidez si les motifs PEST doivent être mappés à la séquence. Valeur par défaut : O
Sortie
-fichier de sortie fichier de sortie
Nom du fichier dans lequel les résultats seront écrits.
-graphique xygraphe
Utilisez epestfinde en ligne en utilisant les services onworks.net