Il s'agit de la commande fasta_formatter qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fasta_formatter - modifie la largeur de la ligne des séquences dans un fichier FASTA
DESCRIPTION
utilisation : fasta_formatter [-h] [-i INFILE] [-o OUTFILE] [-w N] [-t] [-e] Fait partie de FASTX
Boîte à outils 0.0.14 par [email protected]
[-h] = Cet écran d'aide utile.
[-i INFILE]
= fichier d'entrée FASTA/Q. la valeur par défaut est STDIN.
[-o OUTFILE] = fichier de sortie FASTA/Q. la valeur par défaut est STDOUT. [-w N] = max.
largeur de ligne de séquence pour le fichier FASTA de sortie.
Lorsque ZÉRO (valeur par défaut), les lignes de séquence ne seront PAS enveloppées - tous les nucléotides de
chaque séquence apparaîtra sur une seule ligne (bon pour le script).
[-t] = Format tabulé de sortie (au lieu du format FASTA).
Les identifiants de séquence seront sur la première colonne, les nucléotides apparaîtront sur la deuxième
colonne (comme une seule ligne).
[-e] = Sortir les séquences vides (la valeur par défaut est de les ignorer).
Les séquences vides sont celles qui n'ont qu'un identifiant de séquence, mais pas réel
nucléotides.
Entrée Mise en situation :
>MY-ID AAAAAGGGGG CCCCCTTTTT AGCTN
Sortie exemple avec illimité en ligne largeur [-w 0] :
>MY-ID AAAAAGGGGGCCCCCTTTTTAGCTN
Sortie exemple avec Max. en ligne width = 7 [-w 7] :
>MY-ID AAAAAGG GGGTTTT TCCCCCA GCTN
Sortie exemple avec tabulaire sortie [-t] :
MON-ID AAAAAGGGGGCCCCCTTTTAGCTN
exemple de séquence vide : (sera rejetée à moins que [-e] soit utilisé)
>REGULAR-SEQUENCE-1 AAAGGGTTTCCC >EMPTY-SEQUENCE >REGULAR-SEQUENCE-2
AAGTAGTAGTAGTAGTGTATTTTATAT
Utilisez fasta_formatter en ligne en utilisant les services onworks.net
