Il s'agit de la commande fastaq-to_tiling_bam qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
fastaq_to_tiling_bam - Créer un fichier BAM de lectures uniformément réparties sur l'entrée
référence
DESCRIPTION
utilisation : fastaq_to_tiling_bam [options]
Prend un fichier de séquence. Crée un fichier BAM contenant des lectures parfaites (non appariées) en mosaïque
génome entier
positionnel arguments:
infile Nom du fichier fasta/q d'entrée
lecture_longueur
Durée des lectures
read_step
Distance entre le début de chaque lecture
read_prefix
Préfixe des noms de lecture
fichier de sortie
Nom du fichier BAM de sortie
facultatif arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
--qual_char QUAL_CHAR
Caractère à utiliser pour le score de qualité [I]
--read_group LIRE_GROUPE
Ajouter l'ID de groupe de lecture donné à toutes les lectures [42]
Important : suppose que samtools est sur votre chemin
Utilisez fastaq-to_tiling_bam en ligne en utilisant les services onworks.net
