Il s'agit de la commande gbrowse_import_ucsc_db qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
Browse_import_ucsc_db - Crée une source de données de framework
DESCRIPTION
Cela crée une source de données cadre pour l'un des génomes connus de l'UCSC Genome
Navigateur. Vous pouvez ensuite modifier le fichier de configuration de la source de données, ajouter vos propres données, et ainsi
en avant. Fournissez le nom d'une construction de génome UCSC et éventuellement une description à afficher dans
Parcourir.
Pour commencer, recherchez la source de données souhaitée en allant sur http://genome.ucsc.edu/cgi-
bin/hgGateway et en utilisant les menus « clade » et « génome » pour naviguer vers l'espèce souhaitée
et le numéro de construction. Vous trouverez le nom de la source de données dans la case bleue sous la navigation
les contrôles. Recherchez quelque chose comme ceci :
Navigateur du génome de D. melanogaster – assemblage dm3 (séquences)
Le nom de la source de données apparaît avant le mot "assembly", en l'occurrence "dm3".
UTILISATION
[options] [ ]
OPTIONS
Pour obtenir une liste de toutes les sources reconnues par UCSC apparaît, tapez :
Browse_import_ucsc_db --list
Options:
--remove-chr Supprime le préfixe 'chr' de tous les noms de chromosomes
--list Lister les sources de données
EXEMPLE
Exemple : $0 hg19 'Génome humain (hg19)'
Utilisez gbrowse_import_ucsc_db en ligne à l'aide des services onworks.net