gdcmconv - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gdcmconv - Outil pour convertir DICOM en DICOM.

SYNOPSIS

gdcmconv [options] entrée de fichier sortie de fichier

DESCRIPTION

Le gdcmconv le programme de ligne de commande prend en entrée un fichier DICOM (file-in) et le traite pour
générer un fichier DICOM de sortie (file-out). L'option de ligne de commande dicte le type de
opération(s) que gdcmconv utilisera pour générer le fichier de sortie.

PARAMETRES

nom de fichier d'entrée DICOM

nom du fichier de sortie DICOM de sortie de fichier

OPTIONS

-i --input nom de fichier DICOM
-o --sortir le nom de fichier DICOM

SPÉCIFIQUE OPTIONS

-X --explicit Change la syntaxe de transfert en explicite.
-M --implicit Change la syntaxe de transfert en implicite.
-U --use-dict Utiliser dict pour VR (uniquement public par défaut).
--with-private-dict Utiliser un dict privé pour la réalité virtuelle (utilisateur avancé uniquement).
-C --check-meta Vérifier les méta-informations du fichier (utilisateur avancé uniquement).
--root-uid UID racine.
--remove-gl Supprimer la longueur du groupe (obsolète dans DICOM 2008).
--remove-private-tags Supprime les balises privées.
--remove-retired Supprime les balises retirées.

IMAGE OPTIONS

-l --apply-lut Appliquer la LUT (non standard, utilisateur avancé uniquement).
-P --photometric-interpretation %s Modifier l'interprétation photométrique (si possible).
-w --raw Décompresser l'image.
-d --deflated Compresser en utilisant deflated (gzip).
-J --jpeg Compresser l'image au format jpeg.
-K --j2k Compresser l'image en j2k.
-L --jpegls Compresser l'image en jpeg-ls.
-R --rle Compresser l'image dans rle (sans perte uniquement).
-F --force Force la décompression/fusion avant recompression/séparation.
--generate-icon Icône de génération.
--icon-minmax %d,%d Valeur Min/Max pour l'icône.
--icon-auto-minmax Calcule automatiquement les meilleures valeurs Min/Max pour l'icône.
--compress-icon Décidez si l'icône suit la syntaxe de transfert principale ou reste non compressée.
--planar-configuration [01] Modifier la configuration planaire.
-Y --lossy Utilise le compresseur avec perte (si possible).
-S --split %d Écrire une image 2D avec plusieurs fragments (en utilisant la taille maximale)

JPEG OPTIONS

-q --quality %*f définit la qualité.

JPEG-LS OPTIONS

-e --lossy-error %*i définir l'erreur.

J2K OPTIONS

-r --rate %*f taux défini.
-q --quality %*f définit la qualité.
-t --tile %d,%d définit la taille de la tuile.
-n --number-resolution %d définit le nombre de résolutions.
--irreversible ensemble irréversible.

GÉNÉRAL OPTIONS

-h --aide
imprimer ce texte d'aide et quitter

-v --version
imprimer les informations sur la version et quitter

-V --verbeux
mode verbeux (avertissement+erreur).

-W --avertissement
mode d'avertissement, imprimer les informations d'avertissement

-E --erreur
mode d'erreur, imprimer les informations d'erreur

-D --débogage
mode de débogage, imprimer les informations de débogage

SPÉCIALITÉS OPTIONS

-I --ignore-errors convertit même si le fichier est corrompu (utilisateurs avancés uniquement, voir les clauses de non-responsabilité).

ENVIRONNEMENT VARIABLE

GDCM_ROOT_UID UID racine

SIMPLE UTILISATION

gdcmconv est un excellent outil pour convertir une implémentation DICOM cassée en correctement analysable
fichier DICOM. L'utilisation est simplement :

$ gdcmconv entrée.dcm sortie.dcm

ou si vous préférez être explicite :

$ gdcmconv -i entrée.dcm -o sortie.dcm

Même si gdcmconv peut écraser directement sur le même fichier (input.dcm = output.dcm), il
est recommandé que l'utilisateur doit d'abord convertir dans un fichier différent pour s'assurer que le bogue
est correctement géré par GDCM.

Cas typiques où vous voudriez utiliser gdcmconv sous sa forme simple :

· convertir un fichier non conforme au cp246 en cp246 conforme,

· convertir l'en-tête méta du fichier de syntaxe de transfert Little Endian implicite en un message explicite approprié
syntaxe de transfert petit-boutiste,

· convertir le bogue GE-13 octets,

· convertir le fichier à double syntaxe : implicite/explicite,

· convertir le fichier Philips double Little Endian/Big Endian,

· convertir les champs UN-1.2.0-bytes cassés de GDCM 2,

· &...

· Tous les autres fichiers cassés répertoriés dans la refsection pris en charge.

Lorsqu'aucune option other n'est utilisée, seul l'ensemble de données est inspecté. Donc encapsulé Pixel Data,
par exemple, n'est pas inspecté pour les bogues bien connus.

Lorsque vous effectuez ce genre de travail, c'est généralement une bonne idée d'effectuer une sorte de travail de qualité.
contrôle, voir la refsection Contrôle Qualité gdcmconv (ci-dessous).

TYPIQUE UTILISATION

Fichier Meta En-tête
Fonctionnement

$ gdcmconv entrée.dcm sortie.dcm

N'est pas suffisant pour recalculer l'en-tête méta du fichier, lorsque le fichier d'entrée est bogué. Vous voudrez peut-être
utiliser: –check-meta

$ gdcmconv --check-meta input.dcm sortie.dcm

Voir des cas typiques tels que : GE_DLX-8-MONO2-PrivateSyntax.dcm ou
PICKER-16-MONO2-No_DicomV3_Preamble.dcm de gdcmData.

Conversion à Explicite Transferts Syntaxe
Pour convertir un fichier écrit à l'aide de la syntaxe de transfert implicite en transfert explicite
La syntaxe utilise simplement :

$ gdcmconv --explicit uncompressed.dcm compressé.dcm

Compression à sans perte JPEG
Pour compresser un fichier DICOM non compressé au format encapsulé JPEG sans perte :

$ gdcmconv --jpeg uncompressed.dcm compressé.dcm

Compression à lossy JPEG
Pour compresser un fichier DICOM non compressé au format encapsulé JPEG Lossy :

$ gdcmconv --lossy --jpeg -q 90 non compressé.dcm compressé.dcm

Remarque :

-q n'est qu'une des nombreuses façons de spécifier la qualité avec perte, vous devez inspecter l'autre indicateur de ligne cmd pour spécifier les propriétés de perte.

Compression à sans perte JPEG-LS
Pour compresser un fichier DICOM non compressé au format encapsulé JPEG-LS sans perte :

$ gdcmconv --jpegls non compressé.dcm compressé.dcm

Compression à lossy JPEG-LS
Pour compresser un fichier DICOM non compressé au format encapsulé JPEG-LS Lossy :

$ gdcmconv --lossy --jpegls -e 2 non compressé.dcm lossy_compressed.dcm

Remarque :

-e (ou -lossy-error) signifie que l'erreur maximale tolérée est de 2 pour chaque valeur de pixel

Compression à sans perte J2K
Pour compresser un fichier DICOM non compressé au format encapsulé JPEG-2000 sans perte :

$ gdcmconv --j2k uncompressed.dcm compressé.dcm

Compression à lossy J2K
Pour compresser un fichier DICOM non compressé au format encapsulé JPEG-2000 Lossy :

$ gdcmconv --lossy -q 55,50,45 --j2k non compressé.dcm lossy_compressé.dcm

Remarque :

-q n'est qu'une des nombreuses façons de spécifier la qualité avec perte, vous devez inspecter l'autre indicateur de ligne cmd pour spécifier les propriétés de perte.

Compression à sans perte RLE
Pour compresser un fichier DICOM non compressé dans un format encapsulé RLE Lossless :

$ gdcmconv --rle uncompressed.dcm compressé.dcm

La compression RLE avec perte n'existe pas.

Diviser encapsulé DICOM :
Pour diviser un flux encapsulé en un plus petit morceau (1024 octets chacun) :

$ gdcmconv --split 1024 rle.dcm rle_1024.dcm

Si un nombre impair d'octets est passé, il sera arrondi au nombre pair suivant (par ex.
1025 -> 1024) puisque DICOM n'autorise que les nombres pairs pour la longueur de la valeur.

Forcer (re)compression
Parfois, il est nécessaire d'utiliser l'option –force. Par défaut lorsque l'utilisateur spécifie –j2k et
le fichier d'entrée est déjà au format DICOM encapsulé JPEG 2000, aucune opération ne prend alors
des endroits. En utilisant –force, vous vous assurez que l'opération de (re)compression a lieu.

Exemple concret de pourquoi vous utiliseriez -force :

· Lorsque les données de pixels manquent de données / sont remplies de courrier indésirable

· Lorsque vous souhaitez vous assurer que GDCM peut gérer le cycle de décompression et de recompression

Décompression a Comprimé DICOM
$ gdcmconv --raw compressé.dcm non compressé.dcm

Compression an non compressé Icône
Par défaut, lors de la compression d'un fichier image DICOM, gdcmconv ne compressera pas l'icône. UNE
L'option utilisateur doit être activée pour forcer explicitement la compression de l'image de l'icône
Données de pixels de séquence

Par exemple, par défaut, nous ne compresserons pas l'attribut Icon Image Sequence Pixel Data :

$ gdcmconv --jpeg gdcmData/simpleImageWithIcon.dcm non compressé_icon.dcm

Dans l'exemple suivant, nous compresserons explicitement les données de pixels de séquence d'images d'icônes
attribut. Dans ce cas, la même syntaxe de transfert est utilisée pour les données de pixels principales
et les données de pixels de la séquence d'images d'icônes :

$ gdcmconv --jpeg --compress-icon gdcmData/simpleImageWithIcon.dcm compress_icon.dcm

Génération an Icône
Pour certaines applications, il peut être nécessaire de produire un petit aperçu de l'image principale pour
pouvoir charger rapidement ce court aperçu au lieu de l'image principale. Dans ce cas:

$ gdcmconv --raw --generate-icon gdcmData/test.acr test_icon.dcm

Dans certains cas, l'élément Pixel Data principal est exprimé en pixel défini sur 16 bits. Depuis
L'icône ne peut stocker qu'un maximum de pixels de taille 8 bits, une opération de redimensionnement doit avoir lieu.
Afin de sélectionner correctement un meilleur intervalle pour effectuer l'opération de redimensionnement, l'utilisateur peut
spécifiez le min max utilisé pour l'opération de remise à l'échelle :

$ gdcmconv --raw --generate-icon --icon-minmax 0,192 gdcmData/012345.002.050.dcm icon_minmax.dcm

Changer le planaire Configuration
Souvent, les fichiers RLE sont compressés à l'aide d'une configuration planaire différente (RRR ... GGG ...
BBB...) au lieu du triplet habituel (RGB ... RGB ... RGB ). Ainsi, lors de la décompression, le
La configuration planaire est 1. C'est parfaitement légal dans DICOM, mais c'est
non conventionnel, et il peut donc être judicieux de modifier également la configuration planaire et
définissez-le par défaut :

$ gdcmconv --raw --planar-configuration 0 compressé.dcm uncompressed1.dcm

Pour réinverser la configuration planaire du fichier 'uncompressed1.dcm', faites simplement :

$ gdcmconv --raw --planar-configuration 1 non compressé1.dcm non compressé2.dcm

SANS PERTE CONVERSION

Lorsqu'on parle de conversion sans perte, il y a une ambiguïté qu'il faut comprendre.
Pour obtenir un taux de compression plus élevé, l'espace colorimétrique RVB n'est généralement pas utilisé, au profit de
un YBR. Le passage d'un espace colorimétrique à l'autre n'est pas sans perte (au niveau du bit).

Pour plus de détails, voyez quelles sont les véritables transformations sans perte décrites :

http://gdcm.sourceforge.net/wiki/index.php/Color_Space_Transformations

QUALITE CONTRÔLE

Une partie importante lors de l'utilisation de gdcmconv est d'avoir un moyen de contrôler la qualité de la sortie.

Vous pouvez utiliser un outil tiers pour vérifier que la sortie de gdcmconv est correcte.

DCMTK / dicom3tools
L'utilisation d'une autre implémentation DICOM telle que celle de DCMTK ou dicom3tools peut être une bonne
processus pour vérifier la sortie de gdcmconv.

· Pour une utilisation DCMTK : dcmdump

· Pour utiliser dicom3tools : dcdump

Pour référence, gdcmconv –raw agira comme dcmdjpeg +cn +px, car il n'essaie jamais de convertir
espace couleur.

VIGUEUR: vimdiff
Vous pouvez configurer votre éditeur préféré pour comparer la sortie, par exemple dans vim :

autocmd BufReadPre *.dcm définir ro
autocmd BufReadPost *.dcm silent %!dcmdump -M +uc "%"

alors faites simplement :

$ vimdiff entrée.dcm sortie.dcm

vbindiff
Sous UNIX, vous pouvez comparer visuellement le fichier binaire à l'aide de la commande vbindiff :

$ vbindiff entrée.dcm sortie.dcm

Utilisez gdcmconv en ligne en utilisant les services onworks.net