gdcmimg - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gdcmimg - Manipule le fichier image DICOM.

gdcmimg est un outil de bas niveau permettant de dé-/encapsuler depuis/vers une image DICOM. Cet outil fait
pas comprendre la conversion de syntaxe de transfert. Il encapsulera les données brutes telles quelles. Cette
a un certain impact dans certains cas, voir les avertissements spéciaux ci-dessous.

Il est important de noter que gdcmimg ne peut encapsuler que le fichier d'entrée approprié, par exemple
JPG et/ou JP2 sont acceptés car une syntaxe de transfert DICOM associée peut être trouvée.
Cependant, les entrées telles que TIFF et/ou PNG ne le sont pas, car DICOM ne les prend pas en charge. Voir
à la place un outil tel que gdcm2vtk.

SYNOPSIS

gdcmimg [options] entrée de fichier sortie de fichier

DESCRIPTION

Votre gdcmimg L'outil de ligne de commande peut être utilisé de deux manières :

· 1. Conversion d'un format de fichier reconnu en son équivalent DICOM encapsulé,

· 2. Anonymisation d'une portion rectangulaire d'un fichier DICOM.

PARAMETRES

nom de fichier d'entrée de fichier (non DICOM)

nom du fichier de sortie DICOM de sortie de fichier

OPTIONS

-i --input Nom du fichier d'entrée
-o --output Nom du fichier de sortie

SPÉCIFIQUE OPTIONS

--endian %s Endianité (LSB/MSB).
-d --depth %d Profondeur (soit 8/16/32 ou BitsAllocated, par exemple 12 lorsqu'il est connu).
--sign %s Signe de pixel (0/1).
--spp %d échantillon par pixel (1/3).
-s --size %d,%d Taille.
-C --sop-class-uid UID de classe SOP (nom ou valeur).
-T --study-uid UID de l'étude.
-S --series-uid UID de la série.
--root-uid UID racine.

REMPLIR OPTIONS

-R --région %d,%d Région.
-F --fill %d Remplir avec la valeur de pixel spécifiée.

GÉNÉRAL OPTIONS

-h --aide
imprimer ce texte d'aide et quitter

-v --version
imprimer les informations sur la version et quitter

-V --verbeux
mode verbeux (avertissement+erreur).

-W --avertissement
mode d'avertissement, imprimer les informations d'avertissement

-E --erreur
mode d'erreur, imprimer les informations d'erreur

-D --débogage
mode de débogage, imprimer les informations de débogage

ENVIRONNEMENT VARIABLE

GDCM_ROOT_UID UID racine

PRISE EN CHARGE DOSSIER Format (APPROPRIÉ DOSSIER EXTENSION)

gdcmimg basera son processus de conversion en fonction de l'extension de fichier. Suit la liste des
extension de fichier reconnue. Lorsqu'aucune extension n'est trouvée, le fichier DICOM est supposé.

format d'entrée

* RAW (brut, rawl, gris, rvb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
*JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DICOM ()

format de sortie:

* PGM (pgm, pnm, ppm)
* DICOM ()

Pour le format de fichier RAW, vous devez faire particulièrement attention à l'option –endian. Pour les (anciens)
Format de fichier JPEG, les formats avec et sans perte sont pris en charge, l'utilisateur doit payer
attention à l'option -signe. Pour les formats de fichiers tels que RLE ou RAW, l'utilisateur doit
remplissez les informations nécessaires pour trouver la dimension et le type de données d'entrée car il n'y a pas
autre moyen de trouver ces informations. Pour tous les autres formats de fichier, les propriétés sont dérivées
du format de fichier lui-même.

Les fichiers PNM sont censés être big endian (important pour la profondeur > 8)

TYPIQUE UTILISATION

Effacer a rectangulaire partie of le image
Pour remplir la région [0,100]x[0,100] d'une image DICOM, faites simplement :

$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm

Attention : si les Pixel Data sont compressés, l'image est d'abord décompressée afin que le pixel
peut être mis à 0, mais il n'est pas re-compressé.

Convertir RAW à DICOM
L'extension reconnue est .raw, .rawl, .gray ou .rgb (insensible à la casse)

$ gdcmimg --size 512,512 16 --depth XNUMX -i input.raw -o output.dcm

l'image sera une capture secondaire.

Lorsque l'entrée est à 3 composants, il faut spécifier explicitement les échantillons par pixel :

$ gdcmimg --size 512,512 3 --spp XNUMX input_rgb.raw output_rgb.dcm

Lorsque le nom de fichier contient .rgb, la sortie d'extension de fichier est automatiquement reconnue comme
RVB pas besoin de spécifier -spp

$ gdcmimg --size 512,512 XNUMX input.rgb output_rgb.dcm

Vous pouvez utiliser le dd cmd pour ignorer tout en-tête que vous souhaitez supprimer, par exemple, si
vous souhaitez sauter les 108 premiers octets, faites simplement :

$ dd skip=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw

Les extensions .raw et .rawl sont équivalentes. Vous devez spécifier explicitement le boutianness
manuellement:

$ gdcmimg --endian MSB --size 512,512 16 --depth XNUMX -i input.raw -o output.dcm

or

$ gdcmimg --endian LSB --size 512,512 16 --depth XNUMX -i input.raw -o output.dcm

Convertir PGM/PNM/PPM à DICOM
Les extensions reconnues sont .pgm, .pnm, .ppm (insensible à la casse)

$ gdcmimg -i entrée.pgm -o sortie.dcm

l'image sera une capture secondaire

Convertir RLE à DICOM
L'extension reconnue est .rle (insensible à la casse)

$ gdcmimg --size 512,512 16 --depth XNUMX -i input.rle -o output.dcm

l'image sera une capture secondaire

Convertir JPEG à DICOM
Les extensions reconnues sont .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (insensible à la casse)

$ gdcmimg -i entrée.ljpeg -o sortie.dcm

l'image sera une capture secondaire

Convertir J2K à DICOM
Les extensions reconnues sont .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (insensible à la casse)

$ gdcmimg -i entrée.j2k -o sortie.dcm

l'image sera une capture secondaire.

Toutes les informations sur les pixels (bits stockés/alloués...) seront dérivées de l'image elle-même,
et non à partir des options de ligne de commande.

Spécification a SOP Classe UID
Au lieu du stockage d'image de capture secondaire par défaut, on peut vouloir spécifier, disons VL
Stockage d'images photographiques.

$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 entrée.jpg sortie.dcm

PLUSIEURS DES DOSSIERS

gdcmimg gère bien un ensemble de fichiers (par exemple jpeg) :

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg sortie.dcm

Il est important de spécifier une classe SOP qui prend en charge les images multi-images sinon
gdcmimg échouera.

La START OFFSET

Dans certains cas, on peut vouloir créer une tranche 2D à partir d'un volume arbitraire (par exemple 3D). Dans
auquel cas – l'offset devient pratique :

$ gdcmimg --offset 4954104330 --taille 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm

ATTENTION

Il y a quelques problèmes avec l'implémentation de gdcmimg :

Pour le fichier RAW, il faut faire attention au fait que lors de l'utilisation de -endian MSB, les données de pixels seront
encapsulé tel quel (non touché par gdcmimg). Donc la seule syntaxe de transfert possible
disponible est Implicit VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM gère ce privé
Syntaxe de transfert. Donc, si vous devez convertir cette syntaxe de transfert en une autre (et autoriser
Manipulation des données de pixels), vous pouvez utiliser :

$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm

Pour les fichiers JFIF et JP2 (avec en-tête), l'en-tête est copié dans l'élément Pixel Data
ce qui est illégal pour JP2. Utilisez gdcmconv pour ré-encoder correctement un fichier JP2/JFIF en J2K/JPG.

$ gdcmimg entrée.jp2 sortie_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force sortie_jp2.dcm sortie_j2k.dcm

Pour le fichier RLE, aucune vérification n'est effectuée pour le franchissement de la limite de ligne. Il est recommandé d'utiliser
gdcmconv –rle pour ré-encoder dans un fichier RLE approprié en cas de doute.

Bien sûr, si la compression ne convient pas à votre configuration, vous pouvez toujours désencapsuler le
Fichier DICOM (généralement JPEG) sous une forme non encapsulée, à l'aide de gdcmconv :

$ gdcmconv --raw input_jpeg.dcm output_raw.dcm

Utilisez gdcmimg en ligne en utilisant les services onworks.net