Il s'agit de la commande gmap_build qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmap_build - Outil de création de bases de données génomiques pour GMAP ou GSNAP
SYNOPSIS
gmap_build [Options...] -d
DESCRIPTION
gmap_build : crée une base de données gmap pour un génome à utiliser par GMAP ou GSNAP. Fait partie du GMAP
paquet, version 2015-12-31.
Une alternative simplifiée à l'utilisation du programme gmap_setup, qui crée un Makefile.
OPTIONS
-D, --rép=STRING
Répertoire de destination pour l'installation (par défaut le répertoire gmapdb spécifié à
configurer l'heure)
-d, --db=STRING
Nom du génome
-n, --noms=STRING
Noms de substitution pour les chromosomes, fournis dans un fichier. Le fichier doit en avoir un
ligne pour chaque nom de chromosome à modifier, avec le nom FASTA d'origine dans la colonne
1 et le nom du chromosome souhaité dans la colonne 2. Ceci fournit un moyen facile de changer
les noms de chromosomes, par exemple, pour ajouter ou supprimer le préfixe "chr". Colonne 2
peut être vide, ce qui indique qu'il n'y a pas de changement de nom. Ce fichier peut également être combiné avec
--sorte=noms pour fournir un ordre particulier pour les chromosomes dans l'index du génome.
-M, --mdflag=STRING
Utilisez le fichier MD de NCBI pour mapper les contigs aux coordonnées chromosomiques
-C, --contigs-are-mappés
Trouvez une région chromosomique dans chaque ligne d'en-tête FASTA. Utile pour les contigs qui ont
mappé aux coordonnées chromosomiques. Ignoré si le --mdflag est fourni.
-z, --compression=STRING
Utiliser des types de compression donnés (séparés par des virgules ; la valeur par défaut est bitpack64) bitpack64 -
optimisé pour les ordinateurs modernes avec des instructions SIMD (recommandé) tout - créer
tous les types de compression disponibles, actuellement bitpack64 aucun - ne pas compresser l'offset
fichiers (je crois que ce n'est plus pris en charge)
-k, --kmer=INT
valeur k-mer pour l'index génomique (autorisé : 15 ou moins, la valeur par défaut est 15)
-q Intervalle d'échantillonnage INT pour le génome (autorisé : 1-3, par défaut 3)
-s, --sorte=STRING
Trier les chromosomes en utilisant la méthode donnée : aucune - utiliser les chromosomes comme ceux trouvés dans FASTA
fichier(s) alpha - trier les chromosomes par ordre alphabétique (chr10 avant chr 1) numérique-alpha
- chr1, chr1U, chr2, chrM, chrU, chrX, chrY chrom - chr1, chr2, chrM, chrX, chrY,
chr1U, noms chrU - triez les chromosomes en fonction du fichier fourni à --noms drapeau
-g, --gunzip
Les fichiers sont compressés, vous devez donc d'abord compresser chaque fichier
-E, --fasta-tuyau=STRING
Interpréter l'argument comme une commande, au lieu d'une liste de fichiers FASTA
-w INT Attendre (sommeil) ce nombre de secondes après chaque étape (par défaut 2)
-c, --circulaire=STRING
Chromosomes circulaires (soit une liste de chromosomes séparés par une virgule, soit un
nom de fichier contenant des chromosomes circulaires, un par ligne). Si vous utilisez le --noms
fonction, vous devez utiliser le nom d'origine du chromosome, pas le
nom de remplacement, pour cette option.
-e, --nmessages=INT
Nombre maximum de messages (avertissements, rapports contig) à signaler (50 par défaut)
--build-sarray=INT
S'il faut construire un tableau de suffixes : 0=non, 1=oui (par défaut)
Obsolète options:
-T STRING
Répertoire de construction temporaire (peut avoir besoin de spécifier si vous manquez d'espace dans votre
répertoire courant) Ce n'est plus nécessaire, puisque gmap_build construit maintenant
directement dans la destination (ou -D) répertoire.
Les autres outils de la suite GMAP se trouvent dans /usr/lib/gmap
Utilisez gmap_build en ligne en utilisant les services onworks.net
