gmx-angle - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-angle - Calculer les distributions et les corrélations pour les angles et les dièdres

SYNOPSIS

angle gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-od [<.xvg>]]
[-ov [<.xvg>]] [-de [<.xvg>]] [-pas [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [Ou [<.trr>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[maintenant] [-xvg ] [De type ]
[-[non]tout] [-largeur de bac ] [-[pas]périodique]
[-[pas] de chandelle] [-[no]avercorr] [-aflen ]
[-[non]normaliser] [-P ] [-fitfn ]
[-commencer ] [-ajustement d'extrémité ]

DESCRIPTION

gmx angle calcule la distribution des angles pour un certain nombre d'angles ou de dièdres.

Avec l'option -ov, vous pouvez tracer l'angle moyen d'un groupe d'angles en fonction de
temps. Avec le -tout option, le premier graphique est la moyenne et le reste est l'individu
Angles.

Le -de option, gmx angle calcule également la fraction de dièdres trans (uniquement pour
dièdres) en fonction du temps, mais ce n'est probablement amusant que pour quelques privilégiés.

Avec l'option -oc, une fonction de corrélation dièdre est calculée.

Il est à noter que le fichier d'index doit contenir des triplets d'atomes pour les angles ou atom
quadruplets pour dièdres. Si ce n'est pas le cas, le programme plantera.

Avec l'option Ou, un fichier de trajectoire est vidé contenant cos et sin du dièdre sélectionné
angles, qui peuvent ensuite être utilisés comme entrée pour une analyse en composantes principales utilisant
gmx covar.

Option -pas graphiques lorsque des transitions se produisent entre les rotamères dièdres de multiplicité 3 et
-Oh enregistre un histogramme des temps entre ces transitions, en supposant que l'entrée
les trames de trajectoire sont également espacées dans le temps.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (angle.ndx)
Fichier d'index

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-od [<.xvg>] (angdist.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-ov [<.xvg>] (angaver.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-de [<.xvg>] (dihfrac.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-pas [<.xvg>] (dihtrans.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-Oh [<.xvg>] (trhisto.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-oc [<.xvg>] (dihcorr.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

Ou [<.trr>] (traj.trr) (Facultatif)
Trajectoire au format portable xdr

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)

-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

De type (angle)
Type d'angle à analyser : angle, dièdre, impropre, ryckaert-bellemans

-[non]tout (non)
Tracer tous les angles séparément dans le fichier des moyennes, dans l'ordre d'apparition dans le
fichier index.

-largeur de bac (1)
binwidth (degrés) pour le calcul de la distribution

-[pas]périodique (Oui)
Imprimer des angles dièdres modulo 360 degrés

-[pas] de chandelle (non)
Utiliser la fonction de corrélation de Chandler (N[trans] = 1, N[gauche] = 0) plutôt que le cosinus
fonction de corrélation. Trans est défini comme phi < -60 ou phi > 60.

-[no]avercorr (non)
Faire la moyenne des fonctions de corrélation pour les angles/dièdres individuels

-aflen (-1)
Longueur de l'ACF, la valeur par défaut est la moitié du nombre d'images

-[non]normaliser (Oui)
Normaliser ACF

-P (0)
Ordre du polynôme de Legendre pour ACF (0 indique aucun): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Aucun)
Fonction d'ajustement : aucune, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-commencer (0)
Moment où commencer l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation

-ajustement d'extrémité (-1)
Temps où se termine l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation, -1 est jusqu'à ce que le
fin

CONNUE QUESTIONS

· Le comptage des transitions ne fonctionne que pour les dièdres de multiplicité 3

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