Il s'agit de la commande gmx-confrms qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-confrms - Ajuste deux structures et calcule le RMSD
SYNOPSIS
gmx confirme [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-non [<.ndx>]] [-[maintenant] [-[personne] [-[non]mw] [-[non]pbc]
[-[pas] en forme] [-[sans nom] [-[pas de label] [-[non]bfac]
DESCRIPTION
gmx confirme calcule la déviation quadratique moyenne (RMSD) de deux structures après
moindres carrés ajustant la seconde structure sur la première. Les deux structures ne
doivent avoir le même nombre d'atomes, seuls les deux groupes d'indices utilisés pour l'ajustement doivent
être identique. Avec -patate douce seuls les noms d'atomes correspondants des groupes sélectionnés seront utilisés
pour l'ajustement et le calcul RMSD. Cela peut être utile lors de la comparaison des mutants d'une protéine.
Les structures superposées sont écrites dans un fichier. Dans un .pdb fichier les deux structures seront
écrit sous forme de modèles séparés (utiliser rasmol -nmrpdb). Aussi dans un .pdb fichier, facteurs B calculés
à partir des valeurs MSD atomiques peuvent être écrites avec -bfac.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner
-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp tpr
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.gro/.g96/...>] (fit.pdb)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp
-non [<.ndx>] (match.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
D'autres options:
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers
-[personne (non)
N'écrivez que la structure ajustée dans le fichier
-[non]mw (Oui)
Raccord pondéré en masse et RMSD
-[non]pbc (non)
Essayez de rendre les molécules entières à nouveau
-[pas] en forme (Oui)
Faire la superposition des moindres carrés de la structure cible à la référence
-[sans nom (non)
Ne comparer que les noms d'atomes correspondants
-[pas de label (non)
Ajout des étiquettes de chaîne A pour la première structure et B pour la deuxième structure
-[non]bfac (non)
Facteurs B de sortie à partir des valeurs MSD atomiques
Utilisez gmx-confrms en ligne à l'aide des services onworks.net
