gmx-gangle - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-gangle - Calculer les angles

SYNOPSIS

gangue gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>]] [-oall [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-toi ]
[-xvg ] [-[non]rmpbc] [-[non]pbc] [-sf ]
[-selrpos ] [-seltype ] [-g1 ]
[-g2 ] [-binw ] [-groupe 1 ]
[-groupe 2 ]

DESCRIPTION

gmx gangue calcule différents types d'angles entre les vecteurs. Il prend en charge les deux vecteurs
défini par deux positions et les normales des plans définis par trois positions. L'axe z ou
la normale locale d'une sphère peut également être utilisée comme l'un des vecteurs. Il y a aussi
options pratiques « angle » et « dièdre » pour le calcul des angles de liaison et des dièdres
défini par trois/quatre positions.

Le type de l'angle est spécifié avec -g1 et -g2. Si -g1 is angle or dièdre, -g2
ne doit pas être spécifié. Dans ce cas, -groupe 1 doit spécifier une ou plusieurs sélections, et
chacun doit contenir des triplets ou des quatuors de positions qui définissent les angles à
calculé.

If -g1 is vecteur or avion, -groupe 1 doit spécifier les sélections qui contiennent l'une ou l'autre paires
(vecteur) ou triplés (avion) des postes. Pour les vecteurs, les positions définissent les extrémités de
le vecteur, et pour les plans, les trois positions sont utilisées pour calculer la normale du
avion. Dans les deux cas, -g2 spécifie l'autre vecteur à utiliser (voir ci-dessous).

Chez -g2 vecteur or -g2 avion, -groupe 2 devrait spécifier un autre ensemble de vecteurs. -groupe 1 et
-groupe 2 doit spécifier le même nombre de sélections. Il est également permis de n'avoir qu'un
sélection unique pour l'une des options, auquel cas la même sélection est utilisée avec
chaque sélection dans l'autre groupe. De même, pour chaque sélection dans -groupe 1,
sélection correspondante dans -groupe 2 doit spécifier le même nombre de vecteurs ou un seul
vecteur. Dans ce dernier cas, l'angle est calculé entre ce vecteur unique et chaque
vecteur de l'autre sélection.

Chez -g2 sphnorme, chaque sélection dans -groupe 2 devrait spécifier une position unique qui est la
centre de la sphère. Le deuxième vecteur est calculé comme le vecteur du centre vers
le milieu des positions spécifiées par -groupe 1.

Chez -g2 z, -groupe 2 n'est pas nécessaire, et les angles entre les premiers vecteurs et le
l'axe Z positif est calculé.

Chez -g2 t0, -groupe 2 n'est pas nécessaire, et les angles sont calculés à partir des vecteurs car ils
sont dans la première image.

Il existe trois options de sortie : -oav écrit un fichier xvg avec l'heure et la moyenne
angle pour chaque cadre. -oall écrit tous les angles individuels. -Oh écrit un histogramme de
les angles. La largeur du bac peut être réglée avec -binw. For -oav et -Oh, séparé
moyenne/histogramme est calculé pour chaque sélection dans -groupe 1.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Facultatif)
Trajectoire d'entrée ou configuration unique : xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facultatif)
Structure d'entrée : tpr gro g96 pdb freiner

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Groupes d'index supplémentaires

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-oav [<.xvg>] (angaver.xvg) (Facultatif)
Angles moyens en fonction du temps

-oall [<.xvg>] (angles.xvg) (Facultatif)
Tous les angles en fonction du temps

-Oh [<.xvg>] (anghist.xvg) (Facultatif)
Histogramme des angles

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0)
N'utiliser le cadre que si t MOD dt == première fois (ps)

-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrâce)
Formatage du tracé : aucun, xmgrace, xmgr

-[non]rmpbc (Oui)
Rendre les molécules entières pour chaque image

-[non]pbc (Oui)
Utiliser des conditions aux limites périodiques pour le calcul de la distance

-sf
Fournir des sélections à partir de fichiers

-selrpos (atome)
Positions de référence de sélection : atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
entier_res_com, entier_res_cog, entier_mol_com, entier_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-seltype (atome)
Positions de sortie de sélection par défaut : atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
entier_res_com, entier_res_cog, entier_mol_com, entier_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-g1 (angle)
Type d'analyse/premier groupe de vecteurs : angle, dièdre, vecteur, plan

-g2 (Aucun)
Type de deuxième groupe de vecteurs : aucun, vecteur, plan, t0, z, sphnorm

-binw (1)
Binwidth pour -oh en degrés

-groupe 1
Première analyse/sélection vectorielle

-groupe 2
Deuxième analyse/sélection vectorielle

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