Il s'agit de la commande gmx-helixorient qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-helixorient - Calcule le pas local/la flexion/la rotation/l'orientation à l'intérieur des hélices
SYNOPSIS
gmx héliceorient [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oaxe [<.dat>]] [-ocentre [<.dat>]] [-oriser [<.xvg>]]
[-oradius [<.xvg>]] [-de torsion [<.xvg>]]
[-incliner [<.xvg>]] [-inclinaison [<.xvg>]] [-orot [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-xvg ]
[-[pas] de chaîne latérale] [-[pas]incrémental]
DESCRIPTION
gmx héliceorienter calcule les coordonnées et la direction de l'axe moyen à l'intérieur d'un
hélice alpha, et la direction/vecteurs à la fois du Calpha et (éventuellement) d'une chaîne latérale
atome par rapport à l'axe.
En entrée, vous devez spécifier un groupe d'indices avec des atomes Calpha correspondant à un
hélice alpha de résidus continus. Les directions de sidechain nécessitent un deuxième groupe d'index de
la même taille, contenant l'atome lourd dans chaque résidu qui devrait représenter le
chaîne latérale.
Notez que ce programme ne fait aucun aménagement de structures.
Nous avons besoin de quatre coordonnées Calpha pour définir la direction locale de l'axe de l'hélice.
L'inclinaison/rotation est calculée à partir des rotations d'Euler, où nous définissons l'axe de l'hélice comme
le local x-axe, le vecteur résidus/Calpha comme yainsi que, z-axe de leur croix
produit. Nous utilisons la rotation Euler YZX, ce qui signifie que nous inclinons d'abord l'axe de l'hélice (1) autour
et (2) orthogonal au vecteur des résidus, et enfin appliquer la (3) rotation autour de celui-ci.
Pour le débogage ou à d'autres fins, nous écrivons également les angles de rotation d'Euler réels sous la forme
thêta[1-3].xvg
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-oaxe [<.dat>] (hélixaxis.dat)
Fichier de données générique
-ocentre [<.dat>] (centre.dat)
Fichier de données générique
-oriser [<.xvg>] (monter.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-oradius [<.xvg>] (rayon.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-de torsion [<.xvg>] (torsion.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-incliner [<.xvg>] (pliage.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-inclinaison [<.xvg>] (inclinaison.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-orot [<.xvg>] (rotation.xvg)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-[pas] de chaîne latérale (non)
Calculez également les directions de la chaîne latérale par rapport à l'axe de l'hélice.
-[pas]incrémental (non)
Calculez la rotation/inclinaison incrémentielle plutôt que totale.
Utilisez gmx-helixorient en ligne en utilisant les services onworks.net
