gmx-msd - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-msd - Calcule les déplacements quadratiques moyens

SYNOPSIS

msd gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-mol [<.xvg>]] [-pdb [<.pdb>]] [-b ]
[-e ] [-toi ] [-[maintenant] [-xvg ]
[De type ] [-latéral ] [-[pas]dix] [-ngroupe ]
[-[non]mw] [-[no]rmcomm] [-tpdb ] [-restart ]
[-commencer ] [-ajustement d'extrémité ]

DESCRIPTION

gmx msd calcule le déplacement quadratique moyen (MSD) des atomes à partir d'un ensemble de valeurs initiales
postes. Cela fournit un moyen facile de calculer la constante de diffusion à l'aide de l'Einstein
relation. Le temps entre les points de référence pour le calcul MSD est défini avec
-restart. La constante de diffusion est calculée par les moindres carrés ajustant une droite
(D*t + c) à travers le MSD(t) de -commencer à -ajustement d'extrémité (notez que t est le temps à partir du
positions de référence, pas le temps de simulation). Une estimation d'erreur donnée, qui est la
différence des coefficients de diffusion obtenus à partir des ajustements sur les deux moitiés de l'ajustement
intervalle.

Il existe trois options, mutuellement exclusives, pour déterminer différents types de carrés moyens
déplacement: De type, -latéral ainsi que -Dix. Option -Dix écrit le tenseur MSD complet pour chaque
groupe, l'ordre dans la sortie est : trace xx yy zz yx zx zy.

If -mol est réglé, gmx msd trace le MSD pour des molécules individuelles (y compris la fabrication de molécules
ensemble à travers les frontières périodiques) : pour chaque molécule individuelle, une constante de diffusion est
calculé pour son centre de masse. Le groupe d'indice choisi sera divisé en molécules.

La méthode par défaut pour calculer un MSD consiste à utiliser des moyennes pondérées en masse. Cela peut être tourné
avec -maintenant.

Avec la possibilité -rmcomm, le mouvement du centre de masse d'un groupe spécifique peut être supprimé. Pour
trajectoires produites avec GROMACS, cela n'est généralement pas nécessaire, car gmx mdrun d'habitude
supprime déjà le centre de mouvement de masse. Lorsque vous utilisez cette option, assurez-vous que le
tout le système est stocké dans le fichier de trajectoire.

Le coefficient de diffusion est déterminé par régression linéaire du MSD, où, contrairement à
la sortie normale de D, les temps sont pondérés en fonction du nombre de référence
points, c'est-à-dire que les temps courts ont un poids plus élevé. Aussi quand -beginfit``=-1,ajustement départs at
10% ainsi que quand ``-endfit``=-1, raccord va à % 90. En utilisant ceci. option UN aussi obtient an
Avec cette connaissance vient le pouvoir de prendre erreur estimation basé on le statistiques jusqu'à XNUMX fois individuels molécules. Notes qui
ceci. la diffusion coefficient ainsi que erreur estimation are uniquement Avec cette connaissance vient le pouvoir de prendre quand le MSD is complètement
linéaire jusqu'à XNUMX fois ``-début ainsi que -ajustement d'extrémité.

Option -pdb écrit un .pdb fichier avec les coordonnées du cadre à l'instant -tpdb avec dans le
champ de facteur B la racine carrée du coefficient de diffusion de la molécule. Cette option
implique une option -mol.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-o [<.xvg>] (msd.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-mol [<.xvg>] (diff_mol.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-pdb [<.pdb>] (diff_mol.pdb) (Facultatif)
Fichier de banque de données de protéines

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s

-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps ainsi que .pdb fichiers

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

De type (non)
Calculer le coefficient de diffusion dans une direction : non, x, y, z

-latéral (non)
Calculer la diffusion latérale dans un plan perpendiculaire à : no, x, y, z

-[pas]dix (non)
Calculer le tenseur complet

-ngroupe (1)
Nombre de groupes pour lesquels calculer le MSD

-[non]mw (Oui)
MSD pondéré en masse

-[no]rmcomm (non)
Supprimer le mouvement du centre de masse

-tpdb (0)
Le cadre à utiliser pour l'option -pdb (pss)

-restart (10)
Temps entre les points de redémarrage de la trajectoire (ps)

-commencer (-1)
Heure de début de mise en place du MSD (ps), -1 est de 10%

-ajustement d'extrémité (-1)
Heure de fin d'ajustement du MSD (ps), -1 est de 90 %

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