Il s'agit de la commande gmx-x2top qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-x2top - Génère une topologie primitive à partir de coordonnées
SYNOPSIS
gmx x2top [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.top>]] [-r [<.rtp>]]
[-ff ] [-[nov] [-nexcl ] [-[non]H14]
[-[non]alldih] [-[non]remdih] [-[pas] paires] [-patate douce ]
[-[non]pbc] [-[non]pdbq] [-[non]paramètre] [-[pas]tour]
[-ko ] [-kt ] [-kp ]
DESCRIPTION
gmx x2top génère une topologie primitive à partir d'un fichier de coordonnées. Le programme suppose tout
des hydrogènes sont présents lors de la définition de l'hybridation à partir du nom de l'atome et du nombre de
obligations. Le programme peut également faire une .rtp entrée, que vous pouvez ensuite ajouter à la .rtp
base de données.
Lorsque -param est défini, les distances et les angles d'équilibre et les constantes de force seront imprimés
dans la topologie pour toutes les interactions. Les distances et les angles d'équilibre sont tirés de
les coordonnées d'entrée, la constante de force sont définies avec les options de la ligne de commande. La force
les champs quelque peu pris en charge actuellement sont :
G53a5 GROMOS96 53a5 Forcefield (distribution officielle)
champ de force tout-atome oplsaa OPLS-AA/L (dièdres d'acides aminés 2001)
Les fichiers de données correspondants se trouvent dans le répertoire de la bibliothèque avec le nom
nomatome2type.n2t. Consultez le chapitre 5 du manuel pour plus d'informations sur les formats de fichiers.
Par défaut, la sélection du champ de force est interactive, mais vous pouvez utiliser le -ff Option de
spécifiez plutôt l'un des noms courts ci-dessus sur la ligne de commande. Dans ce cas gmx x2top
cherche juste le fichier correspondant.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp tpr
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.top>] (hors.haut) (Facultatif)
Fichier de topologie
-r [<.rtp>] (out.rtp) (Facultatif)
Fichier de type de résidu utilisé par pdb2gmx
D'autres options:
-ff (opsaa)
Champ de force pour votre simulation. Tapez « sélectionner » pour une sélection interactive.
-[nov (non)
Générez une sortie détaillée dans le fichier supérieur.
-nexcl (3)
Nombre d'exclusions
-[non]H14 (Oui)
Utiliser les interactions du troisième voisin pour les atomes d'hydrogène
-[non]alldih (non)
Générer tous les dièdres appropriés
-[non]remdih (non)
Supprimer les dièdres sur la même liaison qu'un impropre
-[pas] paires (Oui)
Sortie 1-4 interactions (paires) dans le fichier de topologie
-patate douce (LA GLACE)
Nom de votre molécule
-[non]pbc (Oui)
Utiliser des conditions aux limites périodiques.
-[non]pdbq (non)
Utilisez le facteur B fourni dans un .pdb dossier pour les charges atomiques
-[non]paramètre (Oui)
Paramètres d'impression dans la sortie
-[pas]tour (Oui)
Arrondir les valeurs mesurées
-ko (400000)
Constante de force de liaison (kJ/mol/nm^2)
-kt (400)
Constante de force angulaire (kJ/mol/rad^2)
-kp (5)
Constante de force angulaire dièdre (kJ/mol/rad^2)
CONNUE QUESTIONS
· La sélection du type d'atome est primitive. Pratiquement aucune connaissance chimique n'est utilisée
· Les conditions aux limites périodiques gâchent la liaison
· Aucun dièdre incorrect n'est généré
· La table de traduction des atomes en types d'atomes est incomplète (nomatome2type.n2t déposer dans le
répertoire de données). Veuillez le prolonger et renvoyer les résultats à l'équipe GROMACS.
Utilisez gmx-x2top en ligne en utilisant les services onworks.net