Il s'agit de la commande gt-ltrdigest qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gt-ltrdigest - Identifie et annote les caractéristiques de la séquence dans le rétrotransposon LTR
candidats.
SYNOPSIS
gt ltrdigest [option ...] fichier_gff3
DESCRIPTION
-préfixe du fichier de sortie [un magnifique]
préfixe pour les fichiers de sortie (par exemple foo va créer des fichiers appelés foo_*.csv ainsi que foo_*.fas)
Omettez cette option pour la sortie GFF3 uniquement.
-métadonnées [oui|non]
sortie des métadonnées (conditions d'exécution) dans un fichier séparé (par défaut : oui)
-seqnamelen [Plus-value]
définir la longueur maximale des noms de séquence dans les en-têtes FASTA (par exemple pour clustalw ou similaire
outils) (par défaut : 20)
-pptlen [Commencer fin]
plage de longueur PPT requise (par défaut : [8..30])
-uboxlen [Commencer fin]
plage de longueur requise de la boîte U (par défaut : [3..30])
-uboxdist [Plus-value]
plage de distance autorisée de l'U-box à partir du PPT (par défaut : 0)
-ppradius [Plus-value]
rayon autour du début de 3' LTR pour rechercher PPT (par défaut : 30)
-pptrprob [Plus-value]
probabilité d'émission de purine à l'intérieur de PPT (par défaut : 0.970000)
-pptyprob [Plus-value]
probabilité d'émission de pyrimidine à l'intérieur de PPT (par défaut : 0.030000)
-pptgprob [Plus-value]
probabilité d'émission de fond G en dehors de PPT (par défaut : 0.250000)
-pptcprob [Plus-value]
probabilité d'émission de fond C en dehors du PPT (par défaut : 0.250000)
-pptaprob [Plus-value]
background Une probabilité d'émission hors PPT (par défaut : 0.250000)
-ppttprob [Plus-value]
probabilité d'émission de fond T en dehors de PPT (par défaut : 0.250000)
-pptuprob [Plus-value]
Probabilité d'émission U/T à l'intérieur de la boîte U (par défaut : 0.910000)
-trnas [nom de fichier]
Bibliothèque d'ARNt au format FASTA multiple pour la détection PBS Omettre cette option pour désactiver
Recherche PBS.
-pbsalilène [Commencer fin]
plage de longueur d'alignement PBS/ARNt requise (par défaut : [11..30])
-pbsoffset [Commencer fin]
décalage PBS autorisé à partir de la plage limite LTR (par défaut : [0..5])
-pbstrnaoffset [Commencer fin]
plage autorisée de décalage d'alignement d'extrémité PBS/ARNt 3' (par défaut : [0..5])
-pbsmaxedist [Plus-value]
distance maximale autorisée d'édition de l'unité d'alignement PBS/ARNt (par défaut : 1)
-pbsrayon [Plus-value]
rayon autour de la fin de 5' LTR pour rechercher PBS (par défaut : 30)
-hmm
modèles de profil HMM pour la détection de domaine (séparés par des espaces, terminer par --) dans HMMER3
format Omettez cette option pour désactiver la recherche pHMM.
-pdomevalcutoff [Plus-value]
valeur seuil E globale pour la recherche pHMM par défaut 1E-6
-pdomcoupure [ ]
seuil de score spécifique au modèle choisir parmi TC (seuil de confiance) | AG (coupure de collecte) |
AUCUN (pas de coupure) (par défaut : AUCUN)
-aliout [oui|non]
sortie pHMM aux alignements de séquences d'acides aminés (par défaut : non)
-aaout [oui|non]
générer des séquences d'acides aminés pour les hits du domaine protéique (par défaut : non)
-toutes les chaînes [oui|non]
caractéristiques de sortie de toutes les chaînes et entités non chaînées, étiquetées avec des numéros de chaîne
(par défaut : non)
-maxgaplen [Plus-value]
taille maximale autorisée de l'espace entre les fragments (en acides aminés) lors de l'enchaînement des coups pHMM
pour un domaine protéique (par défaut : 50)
-force_recréer [oui|non]
forcer la recréation des profils hmmpressed (par défaut : non)
-pbsmatchscore [Plus-value]
score de correspondance pour les alignements PBS/ARNt (par défaut : 5)
-pbsmismatchscore [Plus-value]
score de non-concordance pour les alignements PBS/ARNt (par défaut : -10)
-pbsinsertionscore [Plus-value]
score d'insertion pour les alignements PBS/ARNt (par défaut : -20)
-pbsdeletionscore [Plus-value]
score de suppression pour les alignements PBS/ARNt (par défaut : -20)
-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)
-o [nom de fichier]
rediriger la sortie vers le fichier spécifié (par défaut : non défini)
-gzip [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé gzip (par défaut : non)
-bzip2 [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé bzip2 (par défaut : non)
-Obliger [oui|non]
forcer l'écriture dans le fichier de sortie (par défaut : non)
-fichier séq [nom de fichier]
définir le fichier de séquence à partir duquel prendre les séquences (par défaut : undefined)
-encseq [nom de fichier]
définir le nom d'index de séquence encodé à partir duquel prendre les séquences (par défaut :
indéfini)
-fichiers séq
définir les fichiers de séquence à partir desquels extraire les fonctionnalités utiliser -- terminer la liste
de fichiers séquences
-matchdesc [oui|non]
rechercher dans les descriptions de séquence des fichiers d'entrée les ID de séquence souhaités (en
GFF3), rapportant le premier match (par défaut : non)
-matchdescstart [oui|non]
correspondent exactement aux descriptions de séquences des fichiers d'entrée pour la séquence souhaitée
ID (dans GFF3) du début au premier espace (par défaut : non)
-utiliséesc [oui|non]
utiliser des descriptions de séquence pour mapper les ID de séquence (dans GFF3) à la séquence réelle
entrées. Si une description contient une plage de séquences (par exemple, III:1000001..2000000), le
la première partie est utilisée comme ID de séquence (III) et la première position de plage comme décalage
(1000001) (par défaut : non)
-regiomapping [un magnifique]
définir le fichier contenant le mappage de la région de séquence vers le fichier de séquence (par défaut : undefined)
-Aide
afficher l'aide pour les options de base et quitter
-aide+
afficher l'aide pour toutes les options et quitter
-version
afficher les informations de version et quitter
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