Il s'agit de la commande gt-speck qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gt-speck - Vérifie la conformité de la définition des spécifications dans l'entrée GFF3.
SYNOPSIS
gt tache [options] [fichier_GFF3 ...]
DESCRIPTION
-fichier-spécification [nom de fichier]
fichier avec définition de spécification (par défaut : undefined)
-coloré [oui|non]
afficher la sortie colorée (par défaut : oui)
-fournir index [oui|non]
fournir un index de caractéristiques dans l'espace de noms du fichier de spécification (nécessite une mémoire O(n) pour n entrée
fonctionnalités) (par défaut : non)
-sorte [oui|non]
trier l'entrée avant de vérifier (nécessite une mémoire O(n) pour n caractéristiques d'entrée) (par défaut : non)
-failhard [oui|non]
arrêter le traitement et signaler les erreurs d'exécution au lieu de les enregistrer dans les résultats
(par défaut : non)
-sortir [un magnifique]
format de sortie au choix : json, text, html, statsonly (par défaut : text)
-vérification de type [un magnifique]
utiliser une ontologie donnée dans un fichier OBO pour valider les relations parent-enfant. Sinon
est donné, le fichier sofa.obo du répertoire gtdata/obo_files est utilisé. Si
un argument est donné, il est utilisé comme nom de fichier OBO. Dans le cas où un tel fichier ne
n'existe pas .obo est ajouté à l'argument et charge le nom de fichier résultant à partir du
Le répertoire gtdata/obo_files est tenté. (par défaut : donc)
-fichier séq [nom de fichier]
définir le fichier de séquence à partir duquel prendre les séquences (par défaut : undefined)
-encseq [nom de fichier]
définir le nom d'index de séquence encodé à partir duquel prendre les séquences (par défaut :
indéfini)
-fichiers séq
définir les fichiers de séquence à partir desquels extraire les fonctionnalités utiliser -- terminer la liste
de fichiers séquences
-matchdesc [oui|non]
rechercher dans les descriptions de séquence des fichiers d'entrée les ID de séquence souhaités (en
GFF3), rapportant le premier match (par défaut : non)
-matchdescstart [oui|non]
correspondent exactement aux descriptions de séquences des fichiers d'entrée pour la séquence souhaitée
ID (dans GFF3) du début au premier espace (par défaut : non)
-utiliséesc [oui|non]
utiliser des descriptions de séquence pour mapper les ID de séquence (dans GFF3) à la séquence réelle
entrées. Si une description contient une plage de séquences (par exemple, III:1000001..2000000), le
la première partie est utilisée comme ID de séquence (III) et la première position de plage comme décalage
(1000001) (par défaut : non)
-regiomapping [un magnifique]
définir le fichier contenant le mappage de la région de séquence vers le fichier de séquence (par défaut : undefined)
-o [nom de fichier]
rediriger la sortie vers le fichier spécifié (par défaut : non défini)
-gzip [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé gzip (par défaut : non)
-bzip2 [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé bzip2 (par défaut : non)
-Obliger [oui|non]
forcer l'écriture dans le fichier de sortie (par défaut : non)
-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)
-Aide
afficher l'aide et quitter
-version
afficher les informations de version et quitter
DE LA LIGNE BOGUES
Signaler des bogues à[email protected]>.
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