hhalign - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

hhalign - aligner un alignement de requête/HMM sur un alignement de modèle/HMM

SYNOPSIS

aligner -i question [-t modèle] [Options]

DESCRIPTION

HHalign version 2.0.16 (janvier 2013) Aligner un alignement de requête/HMM sur un modèle
alignement/HMM par alignement HMM-HMM Si un seul alignement/HMM est donné, il est comparé à
lui-même et le meilleur alignement hors diagonale ainsi que tous les autres alignements sans chevauchement
au-dessus du seuil de signification sont indiqués. Remmert M, Biegert A, Hauser A et Soding J.
HHblits : recherche itérative ultra-rapide de séquences de protéines par alignement HMM-HMM. Nat.
Méthodes 9 :173-175 (2011). (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser

-i
alignement des requêtes d'entrée (fasta/a2m/a3m) ou fichier HMM (.hhm)

-t
alignement du modèle d'entrée (fasta/a2m/a3m) ou fichier HMM (.hhm)

Sortie options:
-o
écrire l'alignement de la sortie dans le fichier

-ofas
écrire des alignements dans FASTA, A2M (-oa2m) ou A3M (-oa3m) mise en forme

-Oa3m
écrire l'alignement de la requête au format a3m dans le fichier (par défaut = aucun)

-Aa3m
ajouter l'alignement de la requête au format a3m au fichier (par défaut = aucun)

-un onglet
écriture de l'alignement sous forme de table (avec postérieurs) dans un fichier (par défaut = aucun)

-indice utiliser l'alignement donné pour calculer le score de Viterbi (par défaut = aucun)

-v
mode verbeux : 0 : pas de sortie d'écran 1 : uniquement les avertissements 2 : verbeux

-séq [1,inf[ max. nombre de séquences de requêtes/modèles affichées (def=1)

-nocons
ne pas afficher la séquence de consensus dans les alignements (par défaut = afficher)

-nopré
ne pas afficher la structure secondaire prédite dans les alignements (par défaut = afficher)

-nodssp
ne pas afficher la structure DSSP 2ndary dans les alignements (par défaut = afficher)

-ssconf
montrer les confiances pour la structure 2ndaire prédite dans les alignements

-aliw int
nombre de colonnes par ligne dans la liste d'alignement (def=80)

-P
pour l'auto-comparaison : valeur p max des alignements (def=0.001

-p
probabilité minimale dans la liste récapitulative et d'alignement (def=0)

-E
valeur E maximale dans la liste récapitulative et d'alignement (def=1E+06)

-Z
nombre maximum de lignes dans la liste des résultats récapitulatifs (def=100)

-z
nombre minimum de lignes dans la liste des résultats récapitulatifs (def=1)

-B
nombre maximum d'alignements dans la liste d'alignements (def=100)

-b
nombre minimum d'alignements dans la liste d'alignements (def=1)

-rang int
spécifier le rang d'alignement avec lequel écrire -Oa3m or -Aa3m option (par défaut=1)

Filtre contribution alignement (choix vous be combiné):
-identifiant [0,100] identité de séquence par paire maximale (%) (def=90)

-diff [0,inf[ filtre l'ensemble de séquences le plus diversifié, en gardant au moins cette

de nombreuses séquences dans chaque bloc de >50 colonnes (def=100)

-cov [0,100] couverture minimale avec requête (%) (def=0)

-qid [0,100] identité de séquence minimale avec requête (%) (def=0)

-qsc [0,100] score minimum par colonne avec requête (def=-20.0)

Entrée alignement Format:
-M a2m utilise A2M/A3M (par défaut) : majuscule = Correspondance ; minuscule = Insérer ; '-' = Supprimer ; '.' =
espaces alignés sur les inserts (peut être omis)

-M premier
utiliser FASTA : les colonnes avec des résidus dans la 1ère séquence sont des états de correspondance

-M
utiliser FASTA : les colonnes avec moins de X % d'écarts sont des états de correspondance

HMM-HMM alignement options:
-glob/-loc
mode d'alignement global ou local (def=local)

-alt
afficher jusqu'à ce nombre d'alignements alternatifs (def=1)

-réaligner
réaligner les hits affichés avec max. algorithme de précision (MAC)

-noréaligner
NE PAS réaligner les hits affichés avec l'algorithme MAC (def=realign)

-mact [0,1[
seuil de probabilité postérieur pour l'alignement MAC (def=0.350) Une valeur seuil de
0.0 donne des alignements globaux.

-sto
utiliser un algorithme d'échantillonnage stochastique global pour échantillonner ces nombreux alignements

-hors exclure les positions de requête de l'alignement, par exemple '1-33,97-168'

-décalage [-1,1] décalage de score (def=-0.030)

-corr
poids du terme pour les corrélations de paires (def=0.10)

-ssm 0-4 0 : pas de notation ss [par défaut=2]

1: notation SS après l'alignement 2: notation SS pendant l'alignement

-ssw [0,1] poids du score ss (def=0.11)

-déf lire les options par défaut de ./.hhdefaults ou /.hhdefault.

Exemple : hhalign -i T0187.a3m -t d1hz4a_.hhm -png T0187pdb.png

Sortie options:
-o
écrire l'alignement de la sortie dans le fichier

-ofas
écrire des alignements dans FASTA, A2M (-oa2m) ou A3M (-oa3m) mise en forme

-Oa3m
écrire l'alignement de la requête au format a3m dans le fichier (par défaut = aucun)

-Aa3m
ajouter l'alignement de la requête au format a3m au fichier (par défaut = aucun)

-un onglet
écriture de l'alignement sous forme de table (avec postérieurs) dans un fichier (par défaut = aucun)

-v
mode verbeux : 0 : pas de sortie d'écran 1 : uniquement les avertissements 2 : verbeux

-séq [1,inf[ max. nombre de séquences de requêtes/modèles affichées (def=1)

-nocons
ne pas afficher la séquence de consensus dans les alignements (par défaut = afficher)

-nopré
ne pas afficher la structure secondaire prédite dans les alignements (par défaut = afficher)

-nodssp
ne pas afficher la structure DSSP 2ndary dans les alignements (par défaut = afficher)

-ssconf
montrer les confiances pour la structure 2ndaire prédite dans les alignements

-aliw int
nombre de colonnes par ligne dans la liste d'alignement (def=80)

-P
pour l'auto-comparaison : valeur p max des alignements (def=0.001

-p
probabilité minimale dans la liste récapitulative et d'alignement (def=0)

-E
valeur E maximale dans la liste récapitulative et d'alignement (def=1E+06)

-Z
nombre maximum de lignes dans la liste des résultats récapitulatifs (def=100)

-z
nombre minimum de lignes dans la liste des résultats récapitulatifs (def=1)

-B
nombre maximum d'alignements dans la liste d'alignements (def=100)

-b
nombre minimum d'alignements dans la liste d'alignements (def=1)

-rang int
spécifier le rang d'alignement avec lequel écrire -Oa3m or -Aa3m option (par défaut=1)

-tc
écrire un fichier de bibliothèque TCoffee pour la comparaison par paires

-tct
min. probabilité de paires de résidus pour TCoffee (def=5%)

Options à une fonction filtre contribution alignement (choix vous be combiné):
-identifiant [0,100] identité de séquence par paire maximale (%) (def=90)

-diff [0,inf[
filtrer l'ensemble de séquences le plus diversifié, en gardant au moins ce nombre de séquences dans chaque
bloc de >50 colonnes (def=100)

-cov [0,100] couverture minimale avec requête (%) (def=0)

-qid [0,100] identité de séquence minimale avec requête (%) (def=0)

-qsc [0,100] score minimum par colonne avec requête (def=-20.0)

Bâtiment HMM options:
-M a2m utilise A2M/A3M (par défaut) : majuscule = Correspondance ; minuscule = Insérer ; '-' = Supprimer ; '.' =
espaces alignés sur les inserts (peut être omis)

-M premier
utiliser FASTA : les colonnes avec des résidus dans la 1ère séquence sont des états de correspondance

-M
utiliser FASTA : les colonnes avec moins de X % d'écarts sont des états de correspondance

-Mots clés NE PAS neutraliser les séquences de reconnaissance His-, C-myc-, FLAG-tags et trypsine pour
répartition en arrière-plan

Pseudocompte (ordinateur) options:
-pcm Dépendance de la position 0-2 du mélange pc 'tau' (mode pc, par défaut=2)

0 : aucun pseudo compte :
tau = 0

1 : constante
tau = un

2 : dépendant de la diversité : tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i] : nombre de
séquences effectives dans le MSA local autour de la colonne i) 3 : pseudocomptes à diversité constante

-pca [0,1] mélange de pseudo-compte global (def=1.0)

-PCB [1,inf[ Valeur seuil Neff pour -pcm 2 (déf=1.5)

-pcc [0,3] exposant d'extinction c pour -pcm 2 (déf=1.0)

-pre_pca
Mélange de pseudo-compte PREFILTER (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ Seuil PREFILTER pour Neff (def=1.8)

Spécifique au contexte pseudo-comptes :
-nocontxt
utiliser la matrice de substitution au lieu de pseudocomptes spécifiques au contexte

-contexte fichier de contexte pour le calcul de pseudocomptes spécifiques au contexte
(par défaut=./data/context_data.lib)

-cslib
fichier d'état de colonne pour un préfiltrage rapide de la base de données (default=./data/cs219.lib)

Gap sables moins coûteux options:
-écart [0,inf[
Mélange de pseudo-compte de transition (def=1.00)

-gapd [0,inf[
Mélange de pseudo-compte de transition pour l'espace ouvert (par défaut = 0.15)

-bâiller
Mélange de pseudo-compte de transition pour étendre l'écart (def = 1.00)

-écart ]0,inf]
facteur pour augmenter/réduire la pénalité d'ouverture d'écart pour les suppressions (def=0.60)

-gapg ]0,inf]
facteur pour augmenter/réduire la pénalité d'ouverture d'écart pour les inserts (def=0.60)

-gaph ]0,inf]
facteur pour augmenter/réduire l'écart étendre la pénalité pour les suppressions (def=0.60)

-gapi ]0,inf]
facteur pour augmenter/réduire l'écart étendre la pénalité pour les inserts (def=0.60)

-egq [0,inf[ pénalité (bits) pour les écarts de fin alignés sur les résidus de requête (def=0.00)

-egt [0,inf[ pénalité (bits) pour les espaces de fin alignés sur les résidus de modèle (def=0.00)

Alignement options:
-glob/-loc
mode d'alignement global ou local (def=global)

-Mac utiliser l'alignement de précision maximale (MAC) au lieu de Viterbi

-mact
seuil prob postérieur pour l'alignement MAC (def=0.350)

-sto
utiliser un algorithme d'échantillonnage stochastique global pour échantillonner ces nombreux alignements

-sc score d'acides aminés (tja : modèle HMM à la colonne j) (def=1)

0 = log2 Sum(tja*qia/pa) (pa : fréquences de fond aa)

1 = log2 Somme(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )

2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta : moy. aa freqs in template)

3 = log2 Sum(tja*qia/qa) (qa : moy. aa freqs in query)

-corr
poids du terme pour les corrélations de paires (def=0.10)

-décalage [-1,1 XNUMX]
décalage de score (def=-0.030)

-r identification répétée : plusieurs occurrences non traitées comme indépendantes

-ssm 0-2 0 : pas de notation ss [par défaut=2]

1: notation SS après l'alignement 2: notation SS pendant l'alignement

-ssw [0,1] poids du score ss par rapport au score de la colonne (def=0.11)

-ssa [0,1] ss confusion matrix = (1-ssa)*I + ssa*psipred-confusion-matrix [def=1.00)

-calmer 0-3
étalonnage empirique du score de 0 : requête 1 : modèle 2 : les deux (def=off)

Les options par défaut peuvent être spécifiées dans './.hhdefaults' ou '~/.hhdefaults'

Utilisez hhalign en ligne en utilisant les services onworks.net