Il s'agit de la commande hmmpgmd qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
hmmpgmd - démon pour rechercher une requête de protéine dans une base de données de protéines
SYNOPSIS
hmmpgmd [choix]
DESCRIPTION
Votre hmmpgmd programme est le démon que nous utilisons en interne pour le serveur Web hmmer.org, et
se tient essentiellement devant les programmes de recherche de protéines phmmer, hmmrecherche et hmmscan.
Utiliser hmmpgmd, une instance doit d'abord être démarrée en tant que maître serveur, et fourni avec
au moins l'un d'un séquence base de données (en utilisant le --seqdb drapeau) et/ou un HMM base de données (À L'Aide De
le --hmmdb drapeau). Une base de données de séquences doit être au format hmmpgmd, qui peut être
produit en utilisant esl-reformater. Une base de données HMM est de la forme produite par hmmconstruireL’
la ou les bases de données d'entrée seront chargées en mémoire par le maître. Quand le maître a fini
chargeant la ou les bases de données, il imprime la ligne : "Données chargées en mémoire. Le maître est prêt."
Ce n'est qu'une fois que master est prêt qu'une ou plusieurs instances de hmmpgmd peuvent être démarrées en tant que travailleurs.
Ces travailleurs peuvent être (et sont généralement) sur des machines différentes du maître, mais doivent
avoir accès au(x) même(s) fichier(s) de base de données fourni(s) au maître, avec le même chemin. Comme
avec le maître, chaque travailleur charge la ou les bases de données en mémoire et indique l'achèvement
en imprimant : "Données chargées en mémoire. Le travailleur est prêt."
Le serveur maître et les nœuds de calcul doivent continuer à fonctionner. Un ou plusieurs clients alors
se connecter au maître et soumettre éventuellement de nombreuses requêtes. Le maître distribue le travail de
une requête parmi les travailleurs, recueille les résultats et les fusionne avant de répondre à la
client. Deux exemples de programmes clients sont inclus dans le répertoire HMMER3.1 src - le C
Programme hmmc2 et le script perl hmmpgmd_client_example.pl. Ceux-ci sont conçus comme
exemples uniquement, et doit être étendu si nécessaire pour répondre à vos besoins.
Une requête est soumise au maître depuis le client sous la forme d'une chaîne de caractères. Les requêtes peuvent être
le genre qui serait normalement géré par phmmer (séquence de protéines vs base de données de protéines),
hmmrecherche (requête de protéine HMM vs base de données de protéines), ou hmmscan (requête de protéine vs protéine
base de données HMM).
La forme générale d'une requête client consiste à commencer par une seule ligne du formulaire @[options],
suivi de plusieurs lignes de texte représentant la requête HMM ou au format fasta
séquence. La dernière ligne de chaque requête est le séparateur //.
Par exemple, pour effectuer un phmmer recherche par type d'une séquence dans une base de données de séquences
fichier, la première ligne est de la forme @--seqdb 1, puis la séquence de requête au format fasta
en commençant par la ligne d'en-tête >nom-séquence, suivi d'une ou plusieurs lignes de séquence,
et enfin la clôture //.
Pour effectuer un hmmrecherche type recherche, la séquence de requête est remplacée par le texte intégral d'un
Requête au format HMMER HMM.
Pour effectuer un hmmscan tapez recherche, le texte correspond à celui du phmmer type de recherche, sauf
que la première ligne devient @--hmmdb 1.
Dans le fichier de base de données de séquences au format hmmpgmd, chaque séquence peut être associée à un
ou plusieurs sous-bases de données. Les --seqdb flag indique laquelle de ces sous-bases de données sera
interrogé. Le format de base de données HMM ne prend pas en charge les sous-bases de données.
Le résultat de chaque requête est une structure de données non documentée au format binaire. À l'avenir
les données seront renvoyées dans une structure sérialisée appropriée, mais pour l'instant, cela nécessite
déballage minutieux chez le client. Les exemples de clients montrent comment cela est fait.
OPTIONS
-h Aider; imprimer un bref rappel de l'utilisation de la ligne de commande et de toutes les options disponibles.
EXPERT OPTIONS
--Maître
Exécutez en tant que serveur maître.
--ouvrier
Exécuter en tant que travailleur, se connecter au serveur maître qui s'exécute sur l'adresse IP .
--démon
Exécuter en tant que démon en utilisant le fichier de configuration : /etc/hmmpgmd.conf
--cport
Port à utiliser pour la communication entre les clients et le serveur maître. Le défaut
est 51371.
--wport
Port à utiliser pour la communication entre les travailleurs et le serveur maître. Le défaut
est 51372.
--ccncts
Nombre maximal de connexions client à accepter. La valeur par défaut est 16.
--wcncts
Nombre maximal de connexions de nœuds de calcul à accepter. La valeur par défaut est 32.
--pid
Nom du fichier dans lequel l'identifiant du processus sera écrit.
--seqdb
Nom du fichier (au format hmmpgmd) contenant les séquences de protéines. Le contenu de
ce fichier sera mis en cache pour les recherches.
--hmmdb
Nom du fichier contenant les protéines HMM. Le contenu de ce fichier sera mis en cache
pour les recherches.
--CPU
Nombre de threads parallèles à utiliser (pour --ouvrier ).
Utilisez hmmpgmd en ligne à l'aide des services onworks.net
