HPCdaligner - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

HPCdaligner - générer un script à exécuter daligner(1)

SYNOPSIS

HPCdaligneur [-vbAI] [-kint(14)] [-wint(6)][-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-edouble (70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-msuivre]+ [-dalint(4)] [-degréint(25)] chemin:db|dam
[premier:int[-dernier:int]]

DESCRIPTION

HPCdaligneur écrit un script shell UNIX sur la sortie standard qui consiste en une séquence
de commandes qui s'exécutent efficacement daligner(1) sur toutes les paires de blocs d'une base de données fractionnée
puis les trie et les fusionne en externe en utilisant LAsortde Géographie (1) et avec la LAfusion(1) dans une collection
de fichiers d'alignement avec des noms chemin.#.las où # va de 1 au nombre de blocs que
la base de données est divisée en. Ces fichiers triés s'ils sont concaténés par exemple LAcat(1) contiendrait
tous les alignements dans l'ordre (de a-read, puis b-read, et ainsi de suite). De plus, tout
les chevauchements pour une lecture donnée sont garantis de ne pas être divisés entre les fichiers, on peut donc exécuter
analyseurs d'artefacts ou correction d'erreurs sur chaque fichier trié en parallèle.

La base de données doit avoir été préalablement divisée par Division de la base de données(1) et tous les paramètres, sauf
-v, -dal et -degré, sont transmis aux appels à daligner(1). Les valeurs par défaut pour
ces paramètres sont comme pour daligner(1). le -v flag, pour le mode verbeux, est également passé à
tous les appels à LAsortde Géographie (1) et avec la LAfusion (1). -dal et -degré les options sont décrites plus loin.

Pour une base de données divisée en N sous-blocs, les appels à daligner(1) produira au total
2TN^2 fichiers .las en supposant que daligner s'exécute avec des threads T. Ceux-ci seront ensuite triés et
fusionnés dans N^2 fichiers .las triés, un pour chaque paire de blocs. Ceux-ci sont ensuite fusionnés dans
ceil(log_deg N) phases où le nombre de fichiers décroît géométriquement en -degré jusqu'au
il y a 1 fichier par ligne de la matrice de blocs N x N. Donc à la fin on a N trié .las
fichiers qui, une fois concaténés, donneraient un seul gros fichier de chevauchement trié.

Notre -dal L'option (par défaut 4) donne le nombre souhaité de comparaisons de blocs par appel à
daligner(1). Certains doivent contenir à partir de-1 comparaisons, et la première à partir de-2 comparaisons de blocs
encore moins, mais le HPCdaligneur "planner" fait de son mieux pour donner une charge moyenne de
comparaisons de blocs dal par commande. Les -degré option (25 par défaut) donne le nombre maximum
de fichiers qui seront fusionnés en un seul LAfusion(1) commande. Le planificateur tire le meilleur parti
même arbre k-aire de fusions, où le nombre de niveaux est ceil(log_deg N).

Si les entiers premier et dernier sont manquants, alors le script produit est pour chaque bloc dans
la base de données. Si premier est présent, alors HPCdaligneur produit un script incrémentiel qui
compare les blocs premier à travers dernier (dernier = premier s'il n'est pas présent) les uns contre les autres et
tous les blocs précédents 1 à premier-1, puis met à jour de manière incrémentielle les fichiers .las pour
blocs 1 à premier-1, et crée les fichiers .las pour les blocs premier à travers dernier.

Chaque ligne de commande UNIX sortie par le HPCdaligneur peut être un travail par lots (nous utilisons le &&
opérateur de combiner plusieurs commandes en une seule ligne pour qu'il en soit ainsi). Dépendances entre
les travaux peuvent être maintenus simplement en exécutant d'abord tous les daligner(1) emplois, puis tous les
les travaux de tri initial, puis tous les travaux de chaque phase du tri par fusion externe. Chaque
de ces phases est séparée par une ligne de commentaire informative pour votre script
commodité.

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