Il s'agit de la commande indigo-deco qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
indigo-deco - détection d'échafaudage moléculaire et déconvolution du groupe R
SYNOPSIS
indigo-déco fichiers [paramètres]
indigo-déco -h
DESCRIPTION
indigo-déco effectue la détection de l'échafaudage moléculaire et la déconvolution du groupe R. Accepté
les formats sont : Molfile, SDFile, RDFile, SMILES et CML.
OPTIONS
indigo-déco accepte les paramètres suivants.
-h Imprimer le message d'aide
-a Calculer l'échafaudage approximatif (la valeur par défaut est exacte)
-s
Écrire l'échafaudage maximal trouvé dans molfile
-S
Écrire tous les échafaudages trouvés dans un fichier SD
-l
Ne calculez pas l'échafaudage, mais chargez-le à partir du fichier
-sr
Écrire un échafaudage avec des sites R dans un fichier
-o
Écrivez les molécules en surbrillance résultantes dans un fichier
-r
Écrire les molécules résultantes avec des groupes r séparés dans un fichier
établi Aucune considération aromatique
-- Marque la fin des options
EXEMPLES
indigo-déco *.mol -o hl.sdf -s scaf.sdf
Lire les molécules à partir des molfiles dans le répertoire actuel, enregistrer le maximum d'échafaudages trouvés
dans scaf.mol et enregistrez les molécules en surbrillance dans hl.sdf.
indigo-déco structure.mol beaucoup.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
Lisez une molécule de structure.mol et plusieurs molécules de many.sdf, enregistrez
molécules avec r-rgoups dans rg.sdf et enregistrez tous les échafaudages trouvés dans allscafs.sdf.
indigo-déco *.smi -d readyscaf.mol -o hl.sdf
Lire plusieurs molécules de chaque fichier SMILES dans le répertoire actuel, lire
échafaudage de readyscaf.mol et enregistrez les molécules en surbrillance dans hl.sdf.
Utilisez indigo-deco en ligne en utilisant les services onworks.net
