iqtree - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

iqtree - logiciel phylogénétique efficace par maximum de vraisemblance

SYNOPSIS

arbre iq -s [OPTIONS]

DESCRIPTION

IQ-TREE version 1.3.11.1 pour Linux 64 bits construit le 1er février 2016 Copyright © 2011-2015 Nguyen
Lam Tung, Olga Chernomor, Arndt von Haeseler et Bui Quang Minh.

GÉNÉRAL OPTIONS :
-? ou -h
Impression de cette boîte de dialogue d'aide

-s
Alignement des entrées au format PHYLIP/FASTA/NEXUS/CLUSTAL/MSF

-St
BIN, DNA, AA, NT2AA, CODON, MORPH (par défaut : détection automatique)

-q
Modèle de partition Edge-linked (fichier au format NEXUS/RAxML)

-spp Comme -q option mais autorisant des tarifs spécifiques à la partition

-sp Modèle de partition non lié Edge (comme -M option de RAxML)

-t | BIONJ | ALÉATOIRE
Arbre de départ (par défaut : 100 arbres de parcimonie et BIONJ)

-thé Comme -t mais correction de l'arborescence des utilisateurs (aucune recherche d'arborescence effectuée)

-o
Nom du taxon du groupe externe pour l'écriture de .treefile

-pré
À l'aide de pour les fichiers de sortie (par défaut : aln/partition)

-la graine
Numéro de graine aléatoire, normalement utilisé à des fins de débogage

-v, -vv, -vvv
Mode verbeux, impression de plus de messages à l'écran

NOUVEAU stochastique ARBRE Rechercher ALGORITHME:
-pl Utiliser la bibliothèque de vraisemblance phylogénétique (PLL) (par défaut : désactivé)

-numéros
Nombre d'arbres de parcimonie initiaux (par défaut : 100)

-toppars
Nombre des meilleurs arbres de parcimonie (par défaut : 20)

-sprrad
Rayon pour la recherche SPR avec parcimonie (par défaut : 6)

-numcande
Taille de l'ensemble d'arbres candidats (par défaut : 5)

-pers
Force de perturbation pour NNI randomisé (par défaut : 0.5)

-allnni
Effectuer une recherche NNI plus approfondie (par défaut : désactivé)

-numstop
Nombre d'itérations infructueuses à arrêter (par défaut : 100)

-n <#itérations>
Correction du nombre d'itérations sur <#iterations> (par défaut : auto)

-iqp Utiliser la perturbation de l'arbre IQP (par défaut : NNI aléatoire)

-iqpnni
Revenir à l'ancien algorithme de recherche d'arbre IQPNNI

ULTRA-RAPIDE AMORCER:
-bb <#répliques>
Bootstrap ultrarapide (>=1000)

-wbt Écrire des arbres d'amorçage dans le fichier .ufboot (par défaut : aucun)

-wbtl J'aime -wbt mais aussi écrire des longueurs de branches

-nm <#itérations>
Nombre maximal d'itérations (par défaut : 1000)

-nstep <#iterations> #Itérations pour la règle d'arrêt UFBoot (par défaut : 100)

-bcor
Coefficient de corrélation minimum (par défaut : 0.99)

-beps
RELL epsilon pour rompre l'égalité (par défaut : 0.5)

STANDARD NON PARAMÉTRIQUE AMORCER:
-b <#répliques>
Bootstrap + arbre ML + arbre de consensus (>=100)

-avant JC <#répliques>
Bootstrap + arbre de consensus

-bo <#répliques>
Bootstrap uniquement

UNIQUE BRANCHE TEST:
-alrt <#répliques>
Test du rapport de vraisemblance approximatif de type SH (SH-aLRT)

-alrt 0
Test paramétrique aLRT (Anisimova et Gascuel 2006)

-abayes
test approximatif de Bayes (Anisimova et al. 2011)

-lb <#répliques>
Probabilités d'amorçage locales rapides

AUTOMATIQUE MODÈLE SÉLECTION:
-m UNIQUEMENT
Sélection de modèle standard (comme jModelTest, ProtTest)

-m TEST
J'aime -m TESTONLY mais suivi d'une reconstruction de l'arbre

-m TESTER UNIQUEMENT
Nouvelle sélection de modèles incluant l'hétérogénéité FreeRate (+R)

-m ESSAINOUVEAU
J'aime -m TESTNEWONLY mais suivi d'une reconstruction de l'arbre

-m TESTMERGEUNIQUEMENT
Sélectionnez le schéma de partition le mieux adapté (comme PartitionFinder)

-m FUSION D'ESSAIS
J'aime -m TESTMERGEONLY mais suivi d'une reconstruction de l'arbre

-m TESTERNOUVEAUMERGEUNIQUEMENT
J'aime -m TESTMERGEONLY mais inclut l'hétérogénéité FreeRate

-m TESTNEWMERGE
J'aime -m TESTNEWMERGEONLY suivi d'une reconstruction de l'arbre

-rcluster
Pourcentage de paires de partitions (alg. de clustering assouplie)

-mset Programme
Restreindre la recherche aux modèles pris en charge par d'autres programmes (par exemple, raxml, phyml ou
mrbayes)

-mset m1,...,mk
Restreindre la recherche aux modèles dans une liste séparée par des virgules (par exemple -mset GAF, LG, JTT)

-msub source
Restreindre la recherche aux modèles AA conçus pour des sources spécifiques (c.-à-d., nucléaire,
mitochondriale, chloroplastique ou virale)

-mfréq f1,...,fk
Restreindre la recherche à l'utilisation d'une liste de fréquences d'état (protéine par défaut : -mfréq FU, F ;
codons : -mfréq ,F1x4,F3x4,F)

-mrate r1,...,rk
Restreindre la recherche à l'utilisation d'une liste de modèles de taux sur plusieurs sites (par ex. -mrate
E,I,G,I+G,R)

-cmin
Min #catégories pour le modèle FreeRate [+R] (par défaut : 2)

-cmax
Nombre maximal de catégories pour le modèle FreeRate [+R] (par défaut : 10)

???mérite AIC|AICc|BIC
Critère d'optimalité à utiliser (par défaut : tous)

-marbre Effectuer une recherche arborescente complète pour chaque modèle considéré

-mredo Ignorer les résultats du modèle calculés plus tôt (par défaut : non)

-fou mx1,...,mxk
Liste des modèles de mélange à considérer également

-mdef
Un fichier NEXUS de définition de modèle (voir Manuel)

SUBSTITUTION MODÈLE:
-m

ADN : HKY (par défaut), JC, F81, K2P, K3P, K81uf, TN/TrN, TNef,
TIM, TIMEf, TVM, TVMef, SYM, GTR ou spécification de modèle à 6 chiffres (par exemple, 010010 =
HKY)

Protéine : WAG (par défaut), Poisson, cpREV, mtREV, Dayhoff, mtMAM,
JTT, LG, mtART, mtZOA, VT, rtREV, DCMut, PMB, HIVb, HIVw, JTTDCMut, FLU, Blosum62

Mélange de protéines : C10,...,C60, EX2, EX3, EHO, UL2, UL3, EX_EHO, LG4M, LG4X,
JTTCF4G

Binaire : JC2 (par défaut), GTR2

Codon empirique : KOSI07, SCHN05

Codon mécanique : GY (par défaut), MG, MGK, GY0K, GY1KTS, GY1KTV, GY2K,
MG1KTS, MG1KTV, MG2K

Codon semi-empirique : XX_YY où XX est empirique et YY est le modèle mécaniste

Morphologie/SNP : MK (par défaut), COMMANDÉ

Sinon : Nom du fichier contenant les paramètres du modèle utilisateur
(paramètres de taux et fréquences d'état)

-m +F ou +FO ou +FU ou +FQ (par défaut : auto)
compté, optimisé, défini par l'utilisateur, fréquence d'état égal

-m +F1x4 ou +F3x4
Fréquences de codons

-m +ASC
Correction du biais de détermination pour les données morphologiques/SNP

-m "MIX{m1,...mK}"
Modèle de mélange avec K composants

-m "FMIX{f1,...fK}"
Modèle de mélange de fréquences avec K composantes

-mwopt Activer l'optimisation des poids des mélanges (par défaut : aucun)

EN PLUSIEURS FOIS HÉTÉROGÉNÉITÉ:
-m +I ou +G[n] ou +I+G[n] ou +R[n]
Modèle Invar, Gamma, Invar+Gamma ou FreeRate où 'n' est le nombre de catégories
(par défaut : n=4)

-a
Paramètre de forme gamma pour les tarifs du site (par défaut : estimation)

-gmédiane
Moyenne de calcul pour la catégorie de taux Gamma (par défaut : moyenne)

--test-alpha
Estimation plus approfondie des paramètres du modèle +I+G

-i
Proportion de sites invariables (par défaut : estimation)

-mh Calcul des taux spécifiques au site dans un fichier .mhrate à l'aide de Meyer & von Haeseler (2003)
méthode

TEST OF MODÈLE HOMOGÉNÉITÉ:
-m PLUS BLANC
Tester l'hypothèse d'homogénéité du modèle (GTR+G) à l'aide de Weiss & von Haeseler (2003)
méthode

-ns <#simulations>
#Simulations pour obtenir une distribution nulle (par défaut : 1000)

CONSENSUS RECONSTRUCTION:
-t
Ensemble d'arbres d'entrée pour la reconstruction de consensus

-minutesup
Prise en charge minimale de la division dans la plage [0,1] ; 0.5 pour le consensus à la majorité (par défaut : 0, c'est-à-dire
consensus étendu)

-bi
Jeter arbres au début de

-avec Calcul de l'arbre de consensus vers le fichier .contree

-rapporter Calcul du réseau de consensus vers un fichier .nex

-souper
Attribution de valeurs de support pour à .supprimer

-balise sup
Nom de nœud (ou TOUS) pour attribuer des identifiants d'arborescence où le nœud se produit

ROBINSON-FOULDS DISTANCE:
-rf_all
Calcul des distances RF globales des arbres dans

-rf
Calcul de toutes les distances RF entre deux ensembles d'arbres stockés dans et


-rf_adj
Calcul des distances RF des arbres adjacents dans

ARBRE TOPOLOGIE TEST:
-z
Évaluation d'un ensemble d'arborescences d'utilisateurs

-zb <#répliques>
Exécution des tests BP,KH,SH,ELW pour les arbres passés via -z

-zw Effectuer également des tests KH pondérés et SH pondérés

GÉNÉRATEUR RANDOM DES ARBRES:
-r
Créez un arbre aléatoire sous le modèle Yule-Harding.

-ru
Créez un arbre aléatoire sous le modèle uniforme.

-rcat
Créez un arbre à chenilles au hasard.

-rbal
Créez un arbre équilibré aléatoire.

-rcsg
Créez un réseau fractionné circulaire aléatoire.

-rlen
longueurs de branche min, moyenne et max des arbres aléatoires.

DIVERS:
-poids Écrire localement des arbres optimaux dans le fichier .treels

-blfix Correction de la longueur des branches de l'arborescence des utilisateurs passée via -thé

-blmin Longueur de branche minimale pour l'optimisation (par défaut 0.000001)

-blmax Longueur de branche maximale pour l'optimisation (par défaut 100)

-wsl Écrire les probabilités de journal du site dans le fichier .sitelh

-wslr Écrivez les probabilités de log du site par catégorie de taux

-wslm Écrire les probabilités de log du site par classe de mélange

-wslmr Ecrire les log-vraisemblances du site par mélange + classe de taux

-fconst f1,...,fN
Ajouter des motifs constants dans l'alignement (N=#nstates)

Utiliser iqtree en ligne en utilisant les services onworks.net